הציונים בווילנה הגיבו על ארועים כגון פתיחת נמל תל אביב ב-1938, נפילתו של אריה לוסקי, יליד וילנה, בחניתה באותה שנה וכן הספר הלבן במאי 1939, אז התאספו לאספת מחאה בבית הכנסת הגדול. הציונים גינו את החלטת הבונד לא להצטרף לשביתה הכללית ואגודת ישראל ערכה תפילה בקלויז החדש. הרב יוסף שוב נאם נגד "הספר הלבן", נאמרו פרקי תהלים והחזן העלה את זכר הנופלים בארץ ישראל.
בשנת 1934 הוקם בווילנה סניף של הברית העולמית של הציונים הכלליים וב-1935 התקיימה בעיר ועידה אזורית של ארגון זה. ההסתדרות הציונית בפולין יסדה בווילנה בית ספר חקלאי להכשרת חלוצים.
"הליגה למען ארץ ישראל העובדת" שהוקמה במחצית שנות ה-20 איחדה את פעילותן של המפלגות ותנועות הנוער הציוניות הסוציאליסטיות בעיר.
מרכז "המזרח"י" (קיצור של "מרכז רוחני") בווילנה הוקם ב-1919. ב-1920 נוסדה הסתדרות "צעירי מזרחי" שהקימה את "החלוץ המזרחי". המרכז הוציא שבועון, קיים ועידה וארועים וקבע את יום שמחת תורה כיום תרומות לקרן "החלוץ המזרחי". הרבנים פעילי המרכז ייסדו אגודת נוער לאומי-דתי בשם "ישורון" ללימוד תורה והשתלמות ברוח "המזרחי" ובנאומיהם הפיצו ידע על המרכז. "החלוץ המזרחי" הוציא כתבי עת וקיים פעולות הכשרה ולימוד עברית, ידיעת ארץ ישראל והוצאת צעירים לעבודה חקלאית. ב-1922 היו בהסתדרות "המזרחי" כאלף חברים. בשנה זו עלו לארץ ישראל קבוצות של צעירי המזרחי ואחת מהן ייסדה את קבוצת "ריינס" ליד פתח תקוה.
ב-1927 הגיע הרב י' ל' פישמן-מימון מארץ ישראל לוועידה אזורית של "המזרחי" בווילנה.
בעיר פעלה ויצ"ו, הסתדרות הנשים הציוניות, במגביות, קורסים והכשרות.
ב-1925 ביקר בווילנה מנחם אוסישקין, יו"ר הקרן הקיימת לישראל, והוחלט להקים בעיר לשכה של הקק"ל. הלשכה פעלה לרכישת קרקעות בארץ ישראל על ידי גיוס כספים, נתנה הרצאות ויזמה נטיעת יער בארץ ישראל. ב-1922 החלו אסיפות והתרמות של "קרן היסוד" בווילנה. ב-1923 ביקר בעיר נחום סוקולוב, יו"ר ההנהלה הציונית ולימים נשיא ההסתדרות הציונית העולמית. הציונים בעיר תמכו בפעילותה של הקרן הציונית "קרן תל-חי".
מפלגת "פועלי ציון" התחרתה על לבו של ציבור הפועלים היהודי מול ה"בונד". המפלגה ניהלה בית ספר ערב למבוגרים. מפלגה זו קיימה מצעד ב-1 במאי והבונד בעיר קיים מצעד נפרד.
בווילנה הוקם בשנת 1934 סניף של "מפלגת המדינה העברית", ובשנת 1935 ביקר בעיר מאיר גרוסמן, ראש המפלגה.
הרביזיוניסטים
בשנת 1925 נוסדה בעיר הסתדרות בית"ר, "ברית טרומפלדור". בשנת 1930 מנה הארגון 400 חברים. הארגון ערך כל שנה נשף ובו הופעות ספורט ותרגילי צופים. לארגון היתה תזמורת כלי נשיפה.
בין השנים 1930 ו-1939 ביקר זאב ז'בוטינסקי בווילנה שבע פעמים ושהה עם חברי תנועות הנוער הרביזיוניסטיות. אחת מהרצאותיו נשאה את הכותרת: "ארץ ישראל בעוד עשרים שנה." בשנת 1936 ביקר בעיר גם מנחם בגין. מפקדי גליל וילנה של בית"ר היו ישראל אפשטיין וישראל שייב (אלדד).
ב-1931 וב-1932 התקיימו בווילנה ועידות של הציונים הרביזיוניסטים (הצה"ר). ב-1936 וב-1937 הוציאו חברי בית"ר בעיר ירחון בשם "מנורה" שנכתב בעברית, ביידיש ומעט בפולנית. "ההסתדרות הציונית החדשה" (הצ"ח – הרביזיוניסטים) בווילנה היתה מאורגנת בקבוצות "חרמון", ברית נשים לאומיות", חוג "מנורה", ברית הצה"ר, "קדימה" – אגודת הסטודנטים הציונית שהפכה לרוויזיוניסטית – וכן איגודי הסטודנטים הרביזיוניסטים "ירדניה", "ביתריה" ו"מאקס נורדאו".
