אחת ההנחיות הבסיסיות לתכנית עיצוב המוזיאון הייתה ליצור מסלול המתבסס על סיפור שיש לו התחלה, אמצע וסוף, כלומר: מסלול המבקר צריך להיות סגור ומוכתב על פי הנרטיב המתפתח.
בתוך מבנה המוזיאון נבנה ציר הליכה מרכזי (פריזמה) שאורכו 180 מטר ובשני צדיו אולמות תצוגה. בין אולמות התצוגה נפתחו שברים - שקעים ברוחבה של רצפת הפריזמה - המהווים מעצור פיזי אך שומרים על קשר ראייה של המבקר עם שני קצות הפריזמה. השברים מסמלים נקודות תפנית במהלך האירועים ההיסטוריים, ומוצגים בהם פריטים שמהווים הד לאירועים מתקופת השואה. שברים אלו מציינים ראשי פרקים של הנרטיב המוזיאוני המתפתח. כך הפריזמה הארכיטקטונית משמשת ציר אורך רעיוני - ציר הזיכרון ההיסטורי.
הגלריות השונות, המלאות בחפצים אישיים, מכתבים, יומנים, תעודות, ספרים, עדויות מצולמות ויצירות אמנות מדגישות ומבליטות את הסיפורים האישיים הייחודיים של היהודים אשר חיו באירופה ובצפון אפריקה בתקופת השואה.
מוצג כאן סיור וירטואלי של כל אחת מן הגלריות, כולל תיאורים מילוליים, מראות מן הגלריות ומוצגים בולטים מכל גלריה: במוזיאון למעלה מ-100 מסכים עליהם מוקרנים עדויות ניצולים וסרטונים שהופקו במיוחד למוזיאון. במאים: איילת הלר, ראובן הקר, נעמי שחורי. מפיק: לירן עצמור.

העולם שהיה

גרמניה הנאצית והיהודים 1933-1939

כיבוש פולין והמדיניות האנטי-יהודית

גורל יהודי מערב ומזרח אירופה

1941- "מבצע ברברוסה"

"הפתרון הסופי" וההתקוממות בגטאות

התנגדות והצלה

היהודים האחרונים
"לחזור ולחיות". שארית הפליטה 1949-1944
