המוזיאון הוא מבנה משולש דמוי מנסרה החודר להר מצדו האחד ויוצא מצדו האחר, ושני קצוותיה של המנסרה פורצים לאוויר הפתוח. הצורה המשולשת של המבנה נבחרה כדי לתמוך בלחץ האדמה מעל המנסרה תוך הכנסת אור יום מלמעלה דרך פס זכוכית של 200 מטרים לאורך הגג. פס הזכוכית בגג מאפשר לקרני אור יום להוות ניגוד לאזורים חשוכים יותר הדרושים למצגות במדיות אלקטרוניות". האור בגלריות נכנס דרך צוהרי גג - בכל גלריה מידת השקיפות של הזכוכית תואמת למידת האור הדרושה לכל מוצג.
כל המבנה של המוזיאון החדש - רצפות, קיר, פנים וחוץ - עשוי מבטון אדריכלי מזוין שלא הוסף לו כל גימור, חומר בידוד או ציפויים אחרים. לאורך כל המנסרה חתך המשולש משתנה, והוא נהיה צר יותר במרכז. לשינוי תחושת המרחב הנוצר מהשתנות זו נוספת הרצפה המשופעת קלות, וכך נוצר רצף של חללים שונים ונוצרת האשליה של ירידה עמוקה לתוך ההר. לקראת סוף המסלול הרצפה מתחילה לעלות, המשולש נפתח שוב, והיציאה הדרמתית מהמוזיאון מתפרצת מתוך המורד הצפוני של ההר לנוף של ירושלים בת ימינו.
תמונות: ארדון בן יהודה, באדיבות משה ספדיה אדריכלים בע"מ