בתקופת שהתקיים במאות ה-17 וה-18, היתה וילנה מרכז תורני חשוב. באמצע המאה ה-17 נבנה בווילנה בית לתלמוד תורה לנערים, ונדבנים דאגו לתמיכה בתלמידים. בתקופה זו היתה וילנה מקום מושב לתלמידי חכמים ידועים רבים: מצבתו של ר' מנחם מונש ב"ר יצחק חיות משנת 1636 היתה העתיקה ביותר בבית הקברות הישן של קהילת וילנה; ר' אורי שרגא פייביש עלה לירושלים ושימש בה כנשיא הקהילה האשכנזית ונוסף לו הכינוי "אשכנזי"; ועל הפוסק ר' משה ב"ר יצחק יהודה לימא נאמר "ממשה עד משה לא קם כמשה". בעיר פעלו דרשנים ידועים, סופרי-הלכה ודת, מגיהים ומחדשי הלכה, ואף סוחרים שנודעו בבקיאותם התורנית. ר' אהרון גורדון היה רופאו של מלך פולין; ר' יהודה בן אליעזר ספרא ודיינא היה סוחר עשיר ונדבן שהקים בית כנסת שנשא את שמו ("הקלויז הישן") ואף עסק בשתדלנות אצל המלך והשיג הקלות ליהודים
"ועד מדינת ליטא"
ועד מדינת ליטא הוקם בסוף המאה ה-15 ושימש עם "ועד ארבע ארצות" בתור כנס מייצג עבור הקהילות היהודיות של פולין וליטא. הוועד קבע כיצד יחולקו בין היהודים תעריפי המסים שהטילו השלטונות, ייצג את הקהילות היהודיות בפני השלטונות והוסמך לשפוט יהודים בכל הנוגע לתקנות והלכות דת וחברה שנגעו לחיי הקהילה הפנימיים. בנוסף לכך היו לוועד סמכויות שיפוטיות לגבי חוקים והלכות בתוך הקהילות היהודיות. באמצע המאה ה-18 בוטלו הוועדים.
Street in the Jewish Quarter of Vilna, prewar
Yad Vashem Photo Archives 185GO9
A street in Vilna, prewar
Yad Vashem Photo Archives 186GO2
Street in the Jewish Quarter of Vilna, prewar
Yad Vashem Photo Archives 185GO5
The poet Judah Leib Gordon1830-1892
Yad Vashem Photo Archives 1131/26
Portrait of the Vilna Gaon 1720-1797
Rafael Chwoles (Vilna, 1913 - France, 2002): Ruins of the Vilna Gaon Synagogue
בסוף המאה ה-18 היתה וילנה, תחת הנהגתו של , מעוזם של המתנגדים לחסידות. הגר"א קבע שמצווה לגרש את החסידים מהקהילות, ועד הקהילה הגביל את הסחר עמם ובית הדין של הקהילה הורה לשרוף את כתביהם וחייב את מנהיגיהם להתוודות בפני ארון הקודש. המתנגדים טענו שהחסידים בגדו במלכות והביאו למאסרם של ר' שניאור זלמן מליאדי וחסידים נוספים. החסידות בווילנה נחלשה והחסידים המעטים שנותרו בעיר המשיכו לפעול בה בסתר. אחד ממנהיגי החסידים בווילנה, ר' מנחם-מנדל מוויטבסק, עלה לארץ ישראל בראש קבוצת חסידים.
הגר"א - הגאון מווילנה 1720 - 1797 (ת"פ – תקנ"ח)
במאה ה-18 נולד ופעל בווילנה הגאון ר' אליהו בן שלמה זלמן - הגר"א. כבר מילדותו חידש חידושי הלכה. למרות פניות רבות אליו סירב לכהן כרב וזאת כדי שיוכל להמשיך ללמוד. הוא התקיים מקצבה שנתנה לו הקהילה והקדיש את זמנו לחקר התלמוד והמקרא. הוא גילה טעויות, קבע נוסח מדויק, ביאר את התלמוד הבבלי, מדרשים ו"שולחן ערוך", כתב פירושים לספרי קבלה ופסק דינים. כמו כן למד מתמטיקה, אלגברה, אסטרונומיה ו"חכמות חיצוניות" נוספות, עודד רכישת השכלה כללית, בעיקר בתחום המדעים, ואף עודד תרגום יצירות בתחומים אלו. בגיל 40 החל הגאון מווילנה ללמד חוג מצומצם של תלמידים נבחרים, שלימים זכו לפרסום בזכות עצמם. חוג תלמידיו התפתח למרכז רוחני רב השפעה בתחומי ההלכה והקבלה. בתקופתו הוטבע בעיר הכינוי "ירושלים דליטא". עולם הישיבות שפעל במזרח אירופה בהשראתו הפך לזרם מוביל ביהדות החרדית עד היום. הגאון מווילנה התנגד ללימוד בסגנון הפלפול, ולמד ולימד בסגנון החותר לפסיקת הלכה ישירה. הוא לא נרתע מלפסוק על פי הבנתו, ולעתים בניגוד לפוסקים קודמים, ל"שולחן ערוך" ולנוהג המקובל. הגאון מווילנה החשיב את מצוות יישוב ארץ ישראל, כחלק מתהליך שיוביל לגאולה. הוא אף יצא בדרכו לארץ – אך חזר. בראשית המאה ה-19, לאחר מותו, יצאו לארץ ישראל שלוש קבוצות מתלמידיו.
בסוף המאה ה-18, עם חלוקת פולין, סופחה וילנה לקיסרות הרוסית. בתוך דור עלה חלקם של יהודי העיר בין הסוחרים מחמישית לארבע חמישיות. יהודי העיר עסקו בענפי מלאכה רבים ומגוונים והקימו איגודים מקצועיים. יהודי וילנה היו מאורגנים ב-25 חברות מקצועיות. רובן החזיקו קופות גמילות חסדים (גמ"ח) ולאחדות מהן היו אף בתי מדרש (קלויזים). ענפי מלאכה שלמים כגון כיסוי גגות, כובענות ועגלונות היו בידי היהודים. התחרות בענפים אלה בין היהודים היתה קשה והפרנסה היתה בצמצום.
יהודי וילנה הקימו אגודות לאשראי שסייעו לסוחרים ולבעלי המלאכה היהודים, וכן קופות גמ"ח וקופות צדקה לסיוע לתלמידי ישיבות, לזקנים ולנכים. על אחד ממנהלי קופות הצדקה כתב המשורר הפולני וינצנטי קורטקינסקי פואמה בפולנית שתורגמה ליידיש ולעברית. נכבדים פולנים תרמו כספים להקמת פסלו של מנהל זה, והפסל הוצב במוזיאון העיר.
בראשית המאה ה-19 הוקמה חברת "הצדקה הגדולה" שריכזה את מערכת הסעד היהודית בעיר. בווילנה פעלו חברות צדקה ועזרה הדדית נוספות, בית חולים יהודי, אכסניה ליהודים, בית מחסה לזקנים ובית תמחוי. עם פלישת נפוליאון והמרד הליטאי נותרו רוב יהודי וילנה נאמנים לצאר, אך למרות זאת ביטלה ממשלת הצאר את ועד הקהילה, מינתה רב מטעמה והגדילה את המיסוי. לאחר המרד הפולני של 1863 שוב הועלו מסי היהודים. עם זאת, בסוף המאה ה-19 התאפשר ליהודים להשתתף בבחירות לראשות העירייה, והם קיבלו ייצוג חלקי במוסדות העירייה.
בסוף המאה ה-19 אסרו השלטונות הרוסיים את ישיבת יהודים בכפרים. רבים מהם עברו לווילנה ועקב כך גברו הצפיפות והאבטלה. במפקד 1897 נמנו בעיר כ-64,000 יהודים, שהיוו כ-40% מהאוכלוסייה. כמחציתם התפרנסו מתעשייה, מלאכה ותובלה. בין עיסוקי היהודים היו מסחר זעיר, מפעלי ביגוד, נייר ודפוס, עיבוד עץ ועור, טחנות קמח ומבשלות בירה. היו בהם רופאים, רוקחים, משפטנים ומורים. בפעילותם הכלכלית של היהודים תמכו חמישה בנקים יהודיים ועשרות קופות גמ"ח.
בסוף המאה ה-19 היתה וילנה מרכז של פעילות פוליטית ותרבות יהודית בו פרחה ספרות יידית ועברית. במחצית המאה ה-19 נפתח בעיר בית ספר ממלכתי לציור, שיהודים התקבלו אליו ללא הגבלה. בין האמנים היהודיים החשובים בעיר היו , לימים מייסד האקדמיה לאמנות "בצלאל" בירושלים, והצייר . לעתים קרובות הופיעו בעיר להקות תאטרון יהודיות מרחבי רוסיה. ב-1912 הופיע בעיר יצחק קצנלסון עם להקתו מלודז'. אחת האגודות הראשונות של "חובבי ציון" ברוסיה נוסדה בעיר. ב-1895 התכנסה בעיר ועידה של חוגים סוציאל-דמוקרטים יהודים, ובאוקטובר 1897 התקיימה בווילנה ועידת הייסוד של הבונד.
בוריס שץ, 1866 –1932
בוריס (זלמן דב) שץ נולד בקובנה שבליטא ונשלח על ידי אביו ללמוד בישיבה בווילנה. שץ זנח את הישיבה והחל בלימוד אמנות בווילנה ומאוחר יותר בוורשה. תחילה עסק בציור אך עד מהרה עבר לפסל וליצור תבליטים. שץ חי בפריס ומאוחר יותר היגר לבולגריה בה ייסד אקדמיה מלכותית לאמנות. ב-1906 עלה לארץ ישראל והקים בירושלים מרכז אמנות שנקרא לימים "בצלאל" והיה למנהלו. נושאי עבודותיו לקוחים על פי רוב מן התנ"ך ומסמלים את תחייתו של עם ישראל. בנו, בצלאל שץ עיצב את השער המערבי של אוהל יזכור ביד ושם.
חיים סוטין, 1943-1893
חיים סוטין נולד בבלרוס ולמד בחדר. הוא הלך אחר נטיית לבו, ועבר למינסק נגד רצון אביו, שם החל ללמוד ציור. לאחר שנה התקבל ללימודים באקדמיה לאמנות בווילנה, בה למד שלוש שנים. בשנת 1913 עבר סוטין לפריז ושם החלה פריחתו האמנותית, בעיקר בהשראת חבריו ליצירה, בהם מארק שאגאל ואמדאו מודיליאני. הוא היה אחד מהיוצרים הראשיים ב"אסכולת פריס", שרוב אמניה נספו בשואה. סוטין צייר בפריס וברחבי צרפת מאות ציורים, רובם דיוקנאות ונופים. בתקופת הכיבוש הנאצי הסתתר סוטין מחוץ לפריס. עקב מחלה נאלץ לשוב לפריס, ושם נפטר במהלך ניתוח, באוגוסט 1943. הוא נקבר בבית הקברות מונפרנאס בפריס.