אמיליה נולדה בסמבור שבפולין (כיום אוקראינה). היא התגוררה עם משפחתה באגטווקה, מושבה קטנה של עובדי רכבת.
באוקטובר 1939, לאחר שהגרמנים כבשו את העיירה רוזוואדוב שבגליציה המערבית בדרום פולין והחלו לרדוף את תושביה היהודים, נמלט האומן והסופר שלמה גרסון עם הוריו. על פי הצעת אביו, החליט גרסון להמשיך מזרחה ללבוב, שהייתה תחת שלטון סובייטי, ושם להמתין להוריו שיצטרפו אליו. הם לא הגיעו, והוא חזר לרוזוואדוב כדי לברר מה עלה בגורלם. לאחר שחצה את הגבול ובסמוך לעיירה ניסקו, נעצר גרסון על ידי הגרמנים וצורף ליהודים נוספים שהועבדו בכפייה על ידי הגרמנים בבניית מחנה. גרסון הצליח להימלט ובערך בתחילת דצמבר, בהגיעו לדירת הוריו, מצא אותה מאוכלסת בפולנים שאיימו להסגירו לגרמנים. בדרכים-לא- דרכים נדד ביערות רוזוואדוב כשהוא מוכה רעב וקור עד שחלף בקרבת העיירה אגאטווקה, מושבה קטנה של עובדי הרכבת. מכיוון שגרסון למד בתיכון עם כמה נערים שהתגוררו בעיירה, הוא החליט להיכנס אליה והקיש באופן אקראי על דלת ביתו של קז'ימייז' טוברניצקי, שאת בתו אמיליה הכיר מבית הספר. את הדלת פתחה אמיליה, שהכניסה אותו לביתה. "היא הבינה הכל, ובלי הרבה מילים לקחה אותי לחדר צדדי..." – העיד גרסון. עם חזרת אביה, שעבד כמכונאי רכבת אצל הגרמנים, ביקשה אמיליה את רשותו להחביא את גרסון בביתם. האב הסכים וגרסון נשאר איתם כשלושה חודשים, עד לסוף פברואר 1940, תחת השגחתה המסורה של אמיליה. אמיליה הונעה על ידי ידידות אמיתית ואהבה כנה, שניצחו את המצוקה ואת סכנת החיים שנטלה על עצמה משפחת טוברניצקי. לאחר שהחלה שמועה שמשפחתה של אמיליה מלינה זר וגבר החשש מפני הלשנה, הסיעו אמיליה ובן דודה בֹּולֶק טוברניצקי את שלמה גרסון בעגלה לאזור טרנוגרוד שגבול הרוסי, שם נפרד גרסון מאמיליה והמשיך ברגל עם בולק לגליציה המזרחית שבשטח השלטון הסובייטי.
ביוני 1940 נעצר שלמה גרסון על ידי הנ.ק.וו.ד הרוסי, שהחזיקו בו במאסר. הוא הצליח ליצור קשר עם בולק ואמיליה ולקבל מהם חבילות שהכילו אוכל ומכתבים.
שלמה גרסון העיד שטרם נעצר הצליח ליצור קשר עם משפחתו בגטו, שרמזה לו שמשפחתה של אמיליה סייעה להם וליהודים נוספים. בהמשך התגייס שלמה לצבא אנדרס, ובתום המלחמה למד שהוא היחיד ששרד ממשפחתו.
אמיליה ושלמה שבו ונפגשו באקראי ברחובות ורוצלאב ב-1945. בהמשך הם נישאו. שלמה המשיך לשרת כקצין בצבא הפולני ולאחר מכן כמנהל במשרד התרבות, ואמיליה עבדה כגננת וכנגנית כינור. השניים עברו להתגורר בוורשה ונולדו להם חמישה ילדים. מכיוון שכזוג נוצרי-יהודי הם חוו גילויי אנטישמיות, ב-1956 גמלה בליבם ההחלטה לעלות לישראל. ב-1957, לאחר שהותירו את רוב רכושם מאחור, החלו במסע רגלי שבסיומו הגיעו לאיטליה, וממנה הפליגו בספינה אל חופי חיפה. בתחילה הם התגוררו בקיבוץ דפנה. אמיליה עבדה בחדר האוכל ושלמה עבד בחקלאות. כעבור שנה וחצי הם עברו להתגורר במעברה בבת ים, ומשם לחולון. בעקבות החלטתה של אמיליה לעלות לישראל ניתקו הוריה את קשריהם עימה. אמיליה הייתה במהלכו של הליך גיור שנקטע עקב מותה בטרם עת.
ב-1961 הלכה אמיליה לעולמה בגיל 39. היא הובאה למנוחת עולמים בבית העלמין הלטיני ביפו. בעלה שלמה המשיך לתעד אותה בציוריו.
בחמישה באפריל 1982 הכיר יד ושם באמיליה מריה גרסון-טוברניקה כחסידת אומות העולם.
