במרס 1938 סופחה אוסטריה לגרמניה הנאצית ("האנשלוס"). מאות יהודים נמלטו מאוסטריה לסלובקיה. רבים מהם התרכזו בברטיסלבה, בה שכנו מוסדות יהודיים מרכזיים וארגוני קהילות. הם זכו לסיוע מיהודי העיר.
באוקטובר 1938, לאחר הסכם מינכן שבו נקבע פירוקה של צ'כוסלובקיה, קיבלה סלובקיה אוטונומיה. בברטיסלבה התרכזו ארגונים לאומניים ואנטישמיים, בהם משמר הלינקה ונוער הלינקה הסלובקיים, וכן גדודי מתנדבים גרמניים וכוחות של ארגון "נוער היטלר" (היטלריוגנד) הגרמני. ארגונים אלה, וכן אספסוף עירוני, החלו לפרוע ביהודים מיד לאחר קבלת האוטונומיה. יהודי ברטיסלבה, שחלקם עדיין חיו בתחום הגטו הישן, נחשפו לגיחות מאורגנות של פורעים ולפעילות מזדמנת של מתנכלים. סלובקים לאומנים וגרמנים חברי ארגונים פרו-נאציים פרצו לבתי כנסת ולמוסדות ציבור יהודיים, ניפצו שמשות, הרסו ריהוט, השחיתו רכוש ואף תקפו יהודים ברחובות. במרס 1939 קם ברובע היהודי ארגון הגנה עצמית שהשתתפו בו בעלי מלאכה יהודים, חברי אגודת ספורט, בחורי ישיבה ובני תנועות נוער יהודיות.
ב-14 במרס 1939 הוקמה סלובקיה העצמאית, מדינה גרורה של גרמניה הנאצית, וברטיסלבה הוכרזה בירתה. השלטון הסלובקי ביקש לפתור את הבעיה היהודית על פי הדגם הנאצי ועקרונותיו הגזעניים. חודש לאחר הקמת סלובקיה נחקק חוק שהגדיר מיהו יהודי על בסיס דת, אך כלל גם אזרחים יהודיים ללא אמונה דתית. החוק הקיף את 90,000 היהודים בסלובקיה. אחרי מרס 1939 היגרו מסלובקיה כ-5,000 יהודים, אך הרוב המוחלט של יהודי סלובקיה נותר במדינה.
באוקטובר 1939 קבע משרד הפנים הסלובקי בהוראה חשאית כי היהודים הם אויב המדינה. קרקעות יהודיות הוחרמו, רשיונות עסק מיהודים נשללו, וסלובקים נוצרים נשלחו לחנויות, לבתי מלאכה, למפעלים ולעסקים יהודיים כדי לקבל את ניהול העסקים לידיהם. נציג משרד הכלכלה כתב שיש "להפסיק את הגידול הלא בריא ולהקטין את מספרם המופרז של עורכי הדין היהודיים בקהל עורכי הדין." בסוף 1939 נשללו רשיונותיהם של רוב הרופאים ועורכי הדין היהודים, ופקידי ציבור יהודים רבים פוטרו. נאסר עליהם לעסוק ברפואה, בווטרינריה, בעריכת דין, בשיפוט, בעיתונאות ובאמנות. הם סולקו מהצבא וחויבו לשרת ביחידות עבודה שהוקמו לשם גיוסם. אנשי משמר הלינקה שדדו יהודים וגייסו אותם לעבודות כפיה משפילות. אחד מראשי המשמר קבע: "את היהודים יש לבודד במחנות עבודה, ואם שם לא תהיה עבודה – שיעבירו חצץ ממקום למקום." התעמולה הסלובקית כינתה זאת "הצעדים הראשונים של הפתרון רב המעוף של השאלה היהודית".
במקביל המשיכו אנשי משמר הלינקה לתקוף יהודים וכן לפגוע בדירות, חנויות ומפעלים שעדיין נותרו בידי יהודים גם לאחר ההחרמות ההמוניות. כלכלנים בכירים בסלובקיה היו מודעים לכך שהוצאת היהודים מחיי הכלכלה עשויה לפגוע בכלכלת סלובקיה, אבל הדחפים הרעיוניים, האידאולוגיים והפוליטיים האנטישמיים גברו על הנימוקים הכלכליים ועל עקרונות מסורתיים של הגנה על רכוש פרטי. יוזף קירשבאום, מזכיר מפלגת העם, טען: "אם באמצעות החוק אנו פוגעים ביהודים, אנו רק מענישים את הגזע הזה על פשעיו."
ב-1940 היו בברטיסלבה מעל 18,000 יהודים. בשנה זו נאסר על ארגונים יהודיים לפעול בסלובקיה, מלבד הקהילות ומוסדותיהן. משרדי הארגונים נסגרו ורכושם הוחרם. דירותיהן של מאות משפחות יהודיות, ברחובות מרכזיים בברטיסלבה, הוחרמו לטובת מקורבי השלטון. היהודים שגורשו מדירותיהם נאלצו להצטופף ברובע היהודי ובפרברים מרוחקים, בתנאים ירודים ובחוסר כל. תלמידים יהודים סולקו מבתי הספר הכלליים ורוכזו בבתי הספר היהודים. אלפי יהודים ברחו מהעיר אל ערי שדה. בדצמבר 1940 נותרו בברטיסלבה כ-15,000 יהודים.
ב-1941 גברו מאמצי השלטונות לנשל את יהודי ברטיסלבה מרכושם. מאות חנויות ועסקים יהודים נוספים נסגרו וחלקם הועברו לידיים סלובקיות או גרמניות. רוב יהודי העיר נותרו מובטלים. חלקם גויסו לעבודות כפייה ומאות משפחות נזקקו לסיוע ממוסדות הקהילה. בספטמבר 1941 גורשו מברטיסלבה כ-6,000 יהודים ופוזרו בערים שונות ברחבי סלובקיה.
באביב 1942, כשנותרו בברטיסלבה כ-8,000 יהודים, החל גירושם מברטיסלבה למחנות ההשמדה בפולין. עד אוקטובר 1942 גורשו כ-58,000 יהודים מסלובקיה, רובם לאושוויץ, מיידנק ואזור לובלין.
באוגוסט 1944, עם פרוץ המרד הסלובקי, כבשו הגרמנים את ברטיסלבה. אנשי משטרת הבטחון הגרמנית, האס-דה, החלו במאסר יהודים. כאלפיים יהודים נתפסו בברטיסלבה ונשלחו למחנה הריכוז סרד ומשם לאושוויץ.
שמואל אקשטיין היה סוחר ותיק שמכר כלי בית בחנותו בברטיסלבה. בתמונה זו נראית חנותו שניזוקה בהתפרעויות שפרצו במרס 1939, לאחר הכרזת העצמאות של סלובקיה. הצלם הוא, ככל הידוע, היינריך הופמן, צלמו האישי של היטלר, או אחד מאנשי הצוות שעבדו בסטודיו שלו.
ככל הידוע, אקשטיין נרצח בשואה.
ארכיון התצלומים של יד ושם, FA119/68
