ביוני 1941 כבשו הגרמנים את קובנה. בליל הכיבוש נרצחו בעיר מאות יהודים בידי לאומנים ליטאים. אנשי צבא גרמנים צפו בנעשה בלי להתערב. ביולי נרצחו אלפי יהודים בפורט השביעי, מצודה ליד קובנה. באוגוסט נסגרו שעריו של גטו קובנה וכ-30,000 יהודים נכלאו בשני חלקיו – "הגטו הגדול" ו"הגטו הקטן". באוקטובר חיסלו הגרמנים את הגטו הקטן. הם רצחו בפורט התשיעי את מרבית תושביו של גטו זה וכן כ-9,200 מתושבי הגטו הגדול. בגטו נשארו כ-17,400 יהודים, בעיקר עובדי כפייה. בלחצם של גורמי צבא ואנשי המנהל האזרחי הגרמני הופסקו הרציחות, ותושבי הגטו הפכו לעובדי כפייה עבור מאמץ המלחמה הגרמני. בגטו הוקמו בתי מלאכה ומאות יהודים נשלחו לעבודה מחוץ לקובנה.
בקיץ 1943 הועבר גטו קובנה מרשות המנהל הגרמני האזרחי לרשות האס-אס. האלטסטנרט חוסל בהדרגה ויכולתו לפעול למען היהודים בגטו פחתה. חלק מתושבי הגטו הועברו למגורים במחנות עבודה, וכך הופרדו בני משפחות רבות אלו מאלו. אם עד כה היו מתאחדות משפחות בגטו לאחר כל יום עבודה, הרי שמעתה היה על הגברים לגור במקומות עבודתם, בנפרד מהנשים והילדים, שהצטוו לגור במקומות עבודתן של הנשים.
בספטמבר 1943 הופקד קצין האס-אס וילהלם גקה על גטו קובנה. גקה פקד על האלטסטנרט להכין רשימה של 3,500 איש שיועברו מהגטו למחנות עבודה, בהם מחנה אז'רצ'י ליד העיירה זפישקי, כ-30 ק"מ ממערב לקובנה. ב-25 באוקטובר נמסרה הרשימה לגקה. סיפר לייב גרפונקל, שהיה אסיר בגטו קובנה:
בערב הגיעה לגטו ידיעה מחרידה על קרונות משא ריקים רבים שחלונותיהם מסורגים העומדים מוכנים לא רחוק משדה התעופה באלקסוט על יד רציף מסילת הברזל העוברת שם. ברור היה שהקרונות האלה מיועדים לא להובלת משאות, אלא להובלת אנשים. אם כי אפשר היה להגיע לאז'רצ'י גם במסילת הברזל, בכל זאת נתעוררו חשדות וחששות, שמא מסתתרת מתחת למסווה של הסעת אנשים למקום קרוב לקובנה מזימה להובילם למקום רחוק יותר. באותו ערב נתקבלה ב"אלטסטנראט" ידיעה טלפונית סודית בצופן מוסכם שמחר יהיו זעזועים קשים בגטו. שולח הידיעה היה הרמאן, מנהל לשכת העבודה הגרמנית [קצין אס-אה שפעל לטובת היהודים]. ממקור אחר נודע שהגסטפו הזמין למחר מכוניות משא במספר גדול.
למחרת בשעה 4 בבוקר כבר אפשר היה לראות שהשמירה סביב הגטו הוגברה בהרבה. בשעה 5 נכנסו לגטו מכוניות משא בשיירה ארוכה. עם השיירה באו לגטו גקה וקבוצה גדולה של פקידי הגסטפו, שוטרים גרמנים וגם חיילים אוקראינים רבים [ששירתו ב"צבא ולאסוב" - יחידה גרמנית ובה שבויים מהצבא האדום שערקו לצד הגרמני].
סיפרה הציירת אסתר לוריא:
הלכתי לבתי מלאכה שונים שבגטו. בבית המלאכה לקדרות יכולתי לבוא ולצייר אפילו בהסכמת מנהל העבודה הגרמני. פעם עלה על דעתי לבקש מהקדרים היהודים שיכינו בשבילי כמה כדים גדולים לגנוז בהם את ציורי. הם מילאו את בקשתי ברצון. אולם השאלה מה אעשה בהם בעת סכנה לא הרפתה ממני. ביום האקציה של 26 באוקטובר 1943, בה הוצאו שלושת אלפים [מ]יהודי הגטו למחנות עבודה באסטוניה, גנזתי את אוסף הציורים שלי בכדים שקיבלתים והטמנתים באדמה. היו לי מאתיים רישומים ואקוורלים בגודל 25X35 ס"מ; חלק מהם הספיקו לצלם לפני כן בשביל הארכיון הנסתר של הגטו. ... חלק ממה שציירתי בגטו ניצל עם הארכיון של "מועצת הזקנים". אברהם גולוב (תורי), מזכיר המועצה לשעבר, מסר לי את התמונות שהצליח להציל ולהביא ארצה: 11 רישומים ואקוורלים. כן הביא 20 צילומים שצילם מציורי שטמנתי בכדים באדמת הגטו. על גורלם של הכדים עם האוסף לא נודע לי דבר. (עדות חיה: ציורים מגטו קובנה, ע' 10)
בתחילה נתנו הגרמנים לאנשי האלטסטנרט הזדמנות לאסוף את 3,500 המיועדים לשילוח, אך דרשו שהאיסוף יסתיים ב-8 בערב. סיפר לייב גרפונקל:
פקיד הגסטפו הזהיר את המשטרה היהודית שאם יתברר לאחר שעות אחדות כי העבודה איננה מבוצעת במהירות הדרושה, יעשו הגרמנים בעצמם עם האוקראינים את המלאכה – ולא בעדינות, כפי שהדגיש בצורה שאינה משתמעת לשתי פנים.
בלב שבור החלה המשטרה היהודית להוציא לפועל את הפקודה האכזרית. שוטרים יהודיים הלכו מבית לבית לפי הרשימה והוציאו את האנשים לנסיעה; הם עזרו להם לארוז בחיפזון את החפצים הדלים ולשאתם אל המכוניות. בשעות הראשונות נעשתה הפעולה בשקט ובסדר יחסי. האנשים המוצאים מדירותיהם לא קיבלו בדרך כלל את פני השוטרים היהודיים באיבה ולא גילו שום התנגדות. כולם סמכו על הבטחותיו של גקה שיובאו למקום לא מרוחק מקובנה ותנאי החיים שם לא יהיו גרועים מאשר בגטו. האנשים הבינו שאין מוצא אחר ונפרדו בדברים נוגעים ללב מאחיהם שבגטו, אשר היו שנים אחדות שותפים עמהם בייסורים הנוראים בעמק הבכא הזה. כל אותו זמן ישבו פקידי הגסטפו בחדרי ה"אלטסטנראט" במנוחה, שוחחו ושתו בירה...
ברם, בשעה 12 ... הודיע פקיד הגסטפו אשר ניצח על הפעולה שהמשטרה היהודית הכזיבה את האמון שניתן בה והיא עובדת בעצלתיים. מדבריו אפשר היה להבין שבעוד זמן קט יתחילו הגרמנים והאוקראינים עצמם לבצע את הדבר בכל אכזריותם. אכן, תיכף לאחר זאת התפשטו הגרמנים והאוקראינים בכל הגטו וחטפו את כל הבא לידם. כמובן, לא נתנו לאנשים החטופים לקחת עמהם חפץ כלשהו. כאשר התפרצו האוקראינים לבית כלשהו, סחטו מיושבי הבית שעונים, כסף וחפצים אחרים בהבטחה שישאירו אותם במקומותיהם; אך לאחר שקיבלו את חפצם, הכו ביושבי הבית ברובים ובמגלבים וסחבום למכוניות כדי להוציאם מהגטו. אחר כך נכנסו לדירות שנתרוקנו מתושביהן ושדדו מכל הבא לידם. סיוט זה נמשך עד לשעה 8-7 בערב – כל הזמן הזה היה בגטו בציפורניהן של חיות הטרף האלה.
כך הוצאו ביום ההוא מן הגטו בסך הכל 2,800 איש. כנראה לא הספיקו הגרמים והאוקראינים להוציא יותר במשך יום אחד והחליטו להסתפק במספר זה במקום 3,500 איש שדרשו בתחילה. הגרמנים הביאו את כל האנשים שהוצאו מן הגטו אל רציף מסילת הברזל שעל יד שדה התעופה באלקסוט והושיבו אותם בצפיפות נוראה בקרונות המרושתים שעמדו שם כבר מלפני יומיים. הזקנים והילדים הופרדו מן האנשים והוכנסו לקרונות מיוחדים, ודבר זה גרם לבהלה נוראה בקרב היהודים המוצאים. נתעורר החשד שהגרמנים יובילו את הילדים והזקנים למקום אחר, ומי יודע מה יהיה גורלם שם. הורים רבים לא רצו בשום אופן להיפרד מילדיהם, אבל הגרמנים הוציאו אותם מידיהם בכוח. הצעקות הגיעו עד לב השמיים – כך סיפרו למחרת ליטאים שגרו בקרבת מקום (קובנה היהודית בחורבנה, ע' 151-149).
סיפרה אחת הניצולות:
אמי חששה שייקחו אותי ואת אחותי לאה'לה והלבישה אותי כמבוגרת – נעלי עקב ומעיל פרווה. את אחותי בת השמונה, ילדה יפה, אמי לא הצליחה להציל. הנבלים משכו אותה מתוך ידיה של אמא. אמא, שהיתה חולת לב, הפכה ממש לחיה, בשום אופן לא נתנה להוציא את לאה'לה מידיה. ידענו שלוקחים אותה למוות וניסינו לפחות להציל את אמא: משכנו אותה לעברנו בעוד שלאה'לה צרחה "אמא, אל תתני אותי!" אמא היתה כמטורפת, צעקה עד לב השמיים והחזיקה כל עוד כוחה בה באחותי. כשהגרמני הבין שלא יצליח להפריד ביניהן, חבט בקת רובה בראשה של אמא והיא איבדה את ההכרה. תפסנו בה והכנסנו אותה לקרון. אחותי לאה'לה נלקחה עם ילדים אחרים אל מותה. אותו לילה הלבין כשלג שערה של אמי, אישה בת 31. (צביקה דרור (עורך), בקלוגה בפאתי הצפון, ע' 17)
לאחר סלקציה גורשו ילדים וזקנים לאושוויץ-בירקנאו. יתר החטופים גורשו למחנות עבודה באסטוניה. כמעט כל המגורשים נספו בקור, ברעב ובמחלות. חלק מגוויות הנספים ניסו הגרמנים לשרוף – למשל במחנה הריכוז קלוגה שבאסטוניה – אך לא תמיד עלה הדבר בידם, עקב הנסיגה הבהולה מפני הצבא האדום. עובדי הכפיה המעטים ששרדו במחנות העבודה באסטוניה הוסעו למחנות עבודה בגרמניה.
בסוף 1943 הועברו 6,000-5,000 מיהודי הגטו למחנות עבודה בקובנה ובאזור העיר. בגטו קובנה נותרו 8,000-7,000 יהודים ושטח הגטו צומצם. בעקבות אקציות אלה החלו תושבי גטו קובנה להכין לעצמם מקומות מסתור.
גם אחרי האקציות נשארו ילדים בגטו קובנה ובמחנות העבודה. בסוף מרס 1944 נתפסו ב"אקציית הילדים" בגטו קובנה כ-1,300 ילדים – כמעט כל הילדים ששרדו בגטו עד אז. הם גורשו לפורט התשיעי ונורו, או גורשו לאושוויץ ושם נרצחו. כמאתיים ילדים הוחבאו בגטו קובנה.
ב-1 באוגוסט 1944 שחרר הצבא האדום את קובנה. מעל 90% מהיהודים שחיו בקובנה לפני השואה נרצחו בפוגרומים ובאקציות, וכן במחנות אליהם גורשו. כ-2,500 מיהודי קובנה שרדו במחנות אליהם גורשו, וכ-500 מהם שרדו במחבואים או ביערות עם הפרטיזנים.
ארכיון יד ושם, אוסף תורי, 7003/108
