ערב מלחמת העולם השניה ישבו בלובלין כ-40,000 יהודים - יותר משליש מתושבי העיר. בסוף 1939, בעקבות האבדות בקרבות על כיבוש העיר, הקור העז והחטיפות לעבודות כפייה, נותרו בעיר 37,000 יהודים. הסובייטים כבשו את מזרח פולין ויהודים משכילים, פעילים פוליטיים וצעירים עברו אל שטח הכיבוש הסובייטי, בהם רבים ממנהיגיה של קהילת לובלין. אלפי פליטים יהודים גורשו מאזורי מערב פולין שסופחו לרייך, והגיעו ללובלין. מספר היהודים בעיר שב ועלה, והגיע ל-40,500.
מדי יום מתו בעיר פליטים יהודים בגלל תנאי התברואה הירודים והחורף הקשה, אך במהלך 1940 הוסיפו פליטים יהודים לזרום ללובלין בחיפוש אחר מגורים, מזון ועבודה. וכך, בתחילת 1941 היו בלובלין מעל 43,000 יהודים.
הרשויות הגרמניות ביקשו להקים גטו בעיר, לכלוא בו חלק מיהודי העיר ולגרש את היתר. ב-10 במרס 1941 פרצו אנשי אס-אס וכוחות עזר אוקראינים לבתי יהודים בלובלין ללא הודעה מוקדמת. הם גררו תושבים ממיטותיהם וציוו עליהם להתלבש, לארוז ולהסתלק בתוך עשר דקות. סיפרה אידה רפפורט-גליקשטיין:
קולות מוזרים הגיעו לאזני. הקשבתי וחיכיתי ומקרן זווית של בית ממולי הופיעה קבוצת אנשי גסטפו במדים ירוקים, ואוקראינים לבושי שחורים. ראיתי פעם בקולנוע עדר של כלבי ציד מתפזרים ביער, ורגש זה תקפני. הם התפזרו ברחוב והתייצבו על יד הבתים והשערים, שלא יימלט מהם איש.
קבעו זמן של עשרה רגעים, לקחת מטען של שני קילוגרם ולצאת את כיכר המאסף, כמובן תחת משמר. כמה מהומה ומבוכה. משפחות נתפרדו. הגברים לא היו בבית (הם נשארו ללון בסדנאות [עבודה]) והנשים לא יכלו לאסוף את ילדיהן. היו צעקות, יללות, ולא ידעו מה יהיה אתנו. אנשים עמוסים חבילות נרדפים כצאן מרחוב לרחוב. נוצות פורחות, סלים ומזוודות נרמסים ברחוב. ... נדמה, שאין איש מן המתרוצצים ברחובות שפוי בדעתו; לא הרודפים את הזקנים והילדים, ולא הנרדפים. ... היה גשם ושלג. רוח הסתיו נישא בסמטאות העקלקלות. ... המגורשים היו כמעט כולם מבני העניים, שכן כל יהודי אמיד הצליח, בסכום רב או במעט, לקנות לו כרטיס עבודה שהמחזיק בו היה פטור לפי שעה מן הגירוש.
עלובים היו האנשים בבגדיהם הבלואים. הם נלחצו אל הקיר למצוא מחסה מקור, הרכינו עצמם מפני הגשם הטורד והרוח החודרת. (ספר היזכור לקהילת לובלין, ע' 689)
היהודים הובאו למספר נקודות ריכוז בלובלין. התמונה המובאת כאן צולמה בנקודת הריכוז ברחוב שווייטודוסקה בלובלין. רבים מהיהודים שיכלו לעבוד קיבלו אישור להישאר בעיר, וכאמור, היו שקנו אישורים כאלה. עקב כך, רבים מהיהודים שגורשו היו עניים, זקנים וחולים. במשך ארבעה ימים גורשו כ-9,200 יהודים מלובלין למספר ערים, ומהן פוזרו בכמאה מקומות יישוב קטנים. יהודים אחדים נרצחו במהלך הגירושים. חלק מהמגורשים שבו ללובלין בסתר וכך, לפי הרישומים הגרמנים היו בעיר 34,000 יהודים, אך לפי רישומי העירייה הפולנית של לובלין היו בעיר 40,000 יהודים.
ב-24 במרס 1941 ציווה ארנסט צרנר, מושל מחוז לובלין, להקים גטו ברובע היהודי של לובלין. בתוך שבועות אחדים פונו מרובע כל התושבים הפולנים הנוצרים ונותרו בו רק יהודים. באפריל נמנו בגטו כ-34,000 נפש. הגרמנים התירו לכ-2,200 יהודים לגור מחוץ לגטו.
בחורף הבא נסגר הגטו והוקף בגדר תיל. בשל הצפיפות, הקור והרעב פרצה בגטו מגפת טיפוס, בה נספו יותר מ-1,000 איש. מאות גברים, נשים וילדים עבדו בפרך בשלושה מחנות עבודה שהוקמו בלובלין. רבים נספו בגלל התנאים הקשים במחנות. אחדים נרצחו בדצמבר 1941 או שולחו למיידנק ונספו. עם זאת, יהודים מהסביבה הסתננו לגטו וכך, למרות שיעורי התמותה הגבוהים גדלה אוכלוסיית הגטו. בדצמבר 1941 חיו בו 36,000 יהודים.
יהודי לובלין היו הראשונים מבין שני מיליון היהודים שנרצחו במבצע ריינהרד, בפיקודו של אודילו גלובוצניק, מפקד האס-אס והמשטרה במחוז לובלין. במרס 1942 כיתרו אנשי אס-אס ואוקראינים את הגטו ושילחו 30,000 יהודים למחנה ההשמדה בלז'ץ. רבים ניסו להסתתר מהגירוש אך הגרמנים עברו מבית לבית ורצחו את כל מי שמצאו. חברי היודנרט גורשו ונרצחו. הוקם יודנרט חדש וגם חלק מחבריו נרצחו.
עוד 2,000 מתושבי הגטו נרצחו בגטו עצמו ובקרבת לובלין בידי אנשי אס-אס ושוטרים גרמנים ואוקראינים. בהם היו חולים, ילדים מבית היתומים וזקנים שנרצחו במיטותיהם בבית המחסה של הגטו. יתר היהודים הועברו לגטו חדש שהוקם במיידן טטרסקי, פרבר בפאתי העיר, כשני קילומטרים ממיידנק. עד נובמבר 1942 נרצחו כל תושבי הגטו החדש במיידנק או ביער הסמוך.
ארכיון התצלומים של יד ושם, 73AO1
