עם פרוץ מלחמת העולם השניה חיו בשיידלצה כ-15,000 יהודים, שהיוו כמעט מחצית מתושבי העיר. הגרמנים כבשו את שיידלצה ב-11 בספטמבר 1939 ומיד החלו ברצח יהודים, ביזת חנויותיהם וחטיפתם לעבודות כפייה. כעבור ימים אחדים פינו הגרמנים את שיידלצה ובמקומם נכנס לעיר הצבא האדום. לאחר שבועיים נסוגו הסובייטים מזרחה, על פי הסכם מולוטוב-ריבנטרופ, ומאות יהודים התלוו אליהם בנסיגתם.
ב-10 באוקטובר שבו הגרמנים לשיידלצה, ושבו לבזוז ולחטוף יהודים לעבודות כפייה בעיר ובמחנות עבודה מחוצה לה. בערב חג המולד, ליל 24 בדצמבר 1939, שרפו הגרמנים את בית הכנסת הגדול בשיידלצה, בית המדרש ומשרדי הקהילה היהודית ששכנו בסמוך. הפליטים ששהו בבית הכנסת נספו.
באוקטובר 1940 אישרו הגרמנים את יוזמת היודנרט להקים בתי מלאכה בשיידלצה ואישרו לחלק מפועלי עבודת הכפייה לחזור לעיר.
באוגוסט 1941 הקימו הגרמנים בשיידלצה שני גטאות – גטו גדול וגטו קטן – ובאוקטובר סגרו את הגטאות. תנאי הקיום הקשים והצפיפות הרבה בגטאות הביאו להתפרצות מגפות ולתמותה המונית.
ב-22 באוגוסט 1942 הקיפו את הגטו הגדול בשיידלצה כוחות גרמניים בסיוע המשטרה הכחולה הפולנית. בתוך יומיים גורשו כ-10,000 יהודים למחנה ההשמדה טרבלינקה. כ-2,000 יהודים לא הצליחו להיכנס לקרונות הבקר הצפופים ונרצחו. עוד 200 ניסו להסתתר וגם הם נרצחו, בעיקר בירי, בידי הגרמנים, האוקראינים והאוכלוסיה הפולנית המקומית.
כ-2,000 יהודים רוכזו בגטו הקטן לשם עבודת כפייה. בספטמבר פוזרו רובם למחנות עבודה, בהם נספו רבים עקב תנאי העבודה הקשים, וחלקם גורשו לטרבלינקה. בנובמבר 1942 חוסל הגטו. תושביו הוצעדו למחנה עבודה סמוך והוצעדו בחזרה לשיידלצה. בדרך נרצחו מאות מהם בידי השומרים האוקראינים. השורדים שהגיעו לעיר גורשו לטרבלינקה. עשרות יהודים נמלטו מהרכבת, אולם רובם נורו בידי השומרים האוקראינים.
בשיידלצה נותרו כ-500 יהודים. בינואר 1943 נרצחו 150 מהם. עשרות ברחו במהלך החורף והשאר נרצחו בידי הגרמנים במרס 1943.
ארכיון התצלומים של יד ושם 2656/155
