עם עלייתם לשלטון פעלו הנאצים להוצאת היהודים מחיי הכלכלה והציבור בוויסבאדן. בחודשים הראשונים אחרי עלייתם לשלטון, יהודים הוכו בידי צעירים נאצים. החלו פיטורי יהודים ממשרות רשמיות והוטל חרם על רופאים, עורכי דין ובעלי עסקים יהודים. ביום החרם, 1 באפריל 1933, סומנו חנויות יהודיות והודבקו שלטי אזהרה על משרדי עורכי דין ומרפאות רופאים יהודיים. החלה החרמת בתי כלבו ועסקים יהודיים, עובדיהם היהודים פוטרו והם הועברו לנוצרים שנחשבו ארים טהורי גזע. שני סוחרים יהודים נרצחו בשני מקרי אלימות נפרדים בעיר.
במרס 1933 היוו הרופאים היהודים כ-30% מרופאי העיר והמחוז, ואחדים מהם היו בהנהלת איגוד הרופאים. ב-1934 מחק איגוד הרופאים הנאציים - שבא במקום איגוד הרופאים הגרמנים - את שמות הרופאים היהודים והקומוניסטים ממדריך הנופש המקומי. אות זה בישר על הסילוק העתידי של הרופאים היהודים מהעיסוק במקצועם. העירייה החלה לפגוע בעסקים ובבעלי מקצוע יהודים. ב-1935 פרסמו השלטונות מדריך שכלל כתובות ופרטי עסקים של יהודי ויסבאדן, בו הופיעו כ-700 יהודים, בהם יותר מ-200 בעלי עסקי טקסטיל, כ-50 רופאים, וכן בעלי חנויות ובעלי מקצועות חופשיים. המדריך כלל גם רשימה של יהודים למחצה או לרביע, ורשימה של כל הארגונים היהודיים וחבריהם.
עד 1938 היגרו חצי מהרופאים היהודים בעיר לארצות הברית, ארץ ישראל ומדינות אחרות, ולפחות שניים מהם התאבדו. עד 1939 נשללה זכותם של עוד 20 רופאים יהודים לעסוק במקצועם.
בשנת 1933 נועד רוב תקציב הקהילה לתשלום משכורות הרב והמורים ולאחזקת בית הכנסת, אך ככל שגברו המצוקה וההגירה, גדלה ההשקעה בסעד ובעזרה. ליד הלשכה המרכזית לסעד, על אגודות המשנה שלה, נוסדו לשכה לייעוץ כלכלי וקרן חרום למען מהגרים חסרי אמצעים, בעיקר צעירים. ב-1935 הורחב מפעל "עזרת החורף" היהודי. ב-1936 ייסד הרב לצרוס בית ספר יהודי ובו ארבע כיתות, בו למדו כ-160 תלמידים מוויסבאדן ומהסביבה. רובם עזבו עד 1938.
עד סוף 1938 התקיימו בעיר בית המדרש, שהפך למרכז חיי החברה והתרבות היהודיים בעיר, וסניף איגוד התרבות היהודי, שאִפשר לאמנים יהודיים להופיע בפני קהל יהודי. תנועות הנוער החלוציות "החלוץ", "הבונים" ו"בח"ד" (ברית חלוצים דתיים) וכן קהילות בפרברי ויסבאדן קיימו פעילות ערה למרות הגבלות השלטונות.
בתקופה זו היו תופעות של סיוע ליהודים בוויסבאדן, בעיקר על ידי קתולים ואנשים שהיו בקשרי עבודה עם יהודים, בהם עוזרות בית של יהודים שנאלצו לעזוב את עבודתן בגלל חוקי הגזע ועזרו למעבידיהן לשעבר.
במהלך פוגרום "ליל הבדולח", בבוקר 10 בנובמבר 1938, הציתו אנשי אס-אס את בית הכנסת הגדול ברחוב מיכלסברג בוויסבאדן. מכבי האש כיבו את האש והותירו במקום משמר. כעבור כמה שעות חזרו אנשי אס-אס למקום, סילקו את המשמר ופרצו את הדלתות. הם הרסו בגרזנים את הריהוט והציוד של בית הכנסת, ערמו את השברים והציתו אותם. מכבי האש הגנו על בניינים סמוכים מפני האש אך בית הכנסת עצמו נשרף כליל.
בית הכנסת האורתודוקסי בפרידריכשטרסה נהרס בחלקו ואולם תפילה של "אהבת ציון" (ציבור מתפללי "יהודי המזרח", יהודים ממוצא מזרח אירופאי) ניזוק אף הוא.
לאחר הרס בתי הכנסת הרסו הפורעים מאות מבתיהם ועסקיהם של היהודים. יהודים הוכו באכזריות. 23 יהודים מתו - כמחציתם נרצחו וכמחציתם התאבדו. מאות יהודים מוויסבאדן וביניהם שישה רופאים נעצרו ונשלחו למחנה הריכוז בוכנוואלד. בין העצורים היה הרב לצרוס, שנעצר עוד קודם לכן למשך מספר ימים בעקבות דרשה שנשא על הפסוק "כי אלף שנים בעיניך כיום אתמול כי יעבור" (תהלים צ ד), באשמה שפגע ב"רייך בן אלף השנים". הוא שוחרר ובתחילת 1939 היגר לארץ ישראל. חלק מהעצורים מתו במעצר וחלק – זמן קצר לאחר שחרורם.
