בתחילת מרס 1944 התקיים בעיר מפקד תושבים, אחריו אסרו הגרמנים ארבעה ממנהיגי הקהילה. האסורים הבריחו מהכלא מכתב בו קראו ליהודים לברוח מהעיר, אך סגן נשיא הקהילה, שבתאי קאבלי, טען שהגרמנים לא יפגעו ביהודים כל עוד יספקו היהודים כסף וציוד. קאבלי פנה להורים שבניהם ברחו מהעיר למחתרת ושכנעם להשיב את בניהם לעיר, בטענה שהבנים משתפים פעולה עם המחתרת הקומוניסטית ומסכנים את כל הקהילה. מעטים בלבד ברחו להרים, כגון ארבעת בני משפחת מצא. אחרים השיגו תעודות מזויפות, בין היתר בעזרת האב ארטאנאסיוס, והגיעו לפרטיזנים ולאתונה. היו תושבים נוצרים בינינה שהסתירו יהודים בבתיהם. חלק ממנהיגי הקהילה חפרו מחילה בבית הכנסת הישן שברובע היהודי העתיק וטמנו בה את כל ספרי התורה, הפרוכות וכלי הדת.
ב-24 במרס, יום שישי בלילה, הקיפו יחידות גרמניות את הרובע היהודי, סימנו בצלב את בתי הנוצרים והטילו הסגר על בתי היהודים בשיתוף עם המשטרה היוונית המקומית. היהודים שגרו בתחומי המבצר רוכזו בבית החולים הצבאי שבמקום ולאחר מכן הועלו באלימות על משאיות צבאיות. היהודים שגרו מחוץ למבצר רוכזו בכיכר מאוויליס שמול האגם. שם הפרידו הגרמנים בין הגברים לבין הנשים והילדים. כ-1,870 יהודים הועלו על משאיות והוסעו בצפיפות לטריקלה. בלילה ישנו בבית הקברות היהודי במקום, על שמיכות שהביאו עמם. למחרת הגיעה השיירה ללאריסה. שני מבוגרים נפטרו בדרך.
המגורשים הוכנסו למוסך צבאי, שם היו יהודים מלאריסה ומטריקלה שהובאו לשם יום קודם. שם הוחזקו יהודי ינינה כשבוע וכל חפצי הערך נשדדו מהם באיומי מוות. מספר יהודים הצליחו להימלט, בין היתר על ידי שיחוד נהגי משאיות אשפה או קפיצה מעל הגדרות. הבורחים הצטרפו לפרטיזנים ונלחמו בשורותיהם עד תום המלחמה.
מלאריסה גורשו יהודי ינינה ברכבות לפולין. מסעם נמשך 9-8 ימים. בדרך נפטרו יהודים נוספים. באושוויץ נערכה סלקציה וחלק קטן מהיהודים נשלחו לעבודה. הרוב, בהם קאבלי, אשתו ואחיותיו, נשלחו לתאי הגזים ונרצחו.
הצבא הגרמני החרים את רכושם של יהודי ינינה ונתן חלק ממנו ליוונים מקומיים, בהם משתפי פעולה עם הגרמנים, וכן לרשויות יווניות. היוונים הורשו לתפוס את בתיהם וחנויותיהם של היהודים שגורשו. שרידים מהרכוש היהודי נתפסו לאחר מכן בידי יחידות של מחתרות יווניות ונמסרו לניצולים לאחר המלחמה. לאחר המלחמה נותר שמיש רק בית הכנסת "קהל קדוש ישן". בית הכנסת "קהל קדוש חדש" שימש בתקופת הכיבוש בתור אורווה לסוסים וניזוק קשות.
91% מהיהודים שישבו בינינה ב-1943, ערב הכיבוש הנאצי, נרצחו במחנות ההשמדה. מ-2,000 יהודים בערך שבו בתום המלחמה לינינה 164 בלבד ורובם עזבו אותה בעשור הראשון לאחר המלחמה, עקב תנאי החיים הקשים. כיום, ככל הידוע, חיים בינינה עשרות ספורות של יהודים.
