בינואר 1941, במיפקד האוכלוסין הארצי האחרון בהונגריה לפני הכיבוש הגרמני, נמנו בסבדקה 3,549 יהודים ושיעורם באוכלוסייתה היה כשלושה אחוזים. רובם היו סוחרים ובעלי מלאכה, והיו בהם גם כמה בעלי בתי חרושת. לאחר מלחמת העולם הראשונה הייתה סבדקה חלק מיוגוסלוויה (שנקראה עד 1929 ממלכת הסרבים, הקרואטים והסלובנים). רוב יהודי סבדקה השתייכו לזרם הנאולוגי, אך הייתה בעיר גם קהילה אורתודוקסית קטנה. ליהודי סבדקה היו אגודות תרבות למיניהן וארגוני חסד, בתי ספר וגני ילדים. ב-1923 נחנך בעיר בית חולים יהודי. בשנות השלושים זכתה התנועה הציונית לאהדה הולכת וגוברת בעיר.
ב-1942 גויסו גברים יהודים רבים מסבדקה לשירות עבודת כפייה במסגרת צבא הונגריה. רובם נהרגו בחזית המזרחית, באוקראינה.
הצבא הגרמני כבש את הונגריה ב-19 במרס 1944. על-פי מיפקד שנערך בשבוע השני של אפריל 1944, השתייכו לשתי הקהילות היהודיות בסבדקה קרוב ל-3,400 נפשות.
מנגנון המינהל ההונגרי נשאר על כנו גם לאחר הכיבוש הגרמני, והיהודים רוכזו בגטאות וגורשו על סמך תקנות וצווים של רשויות השלטון ההונגרי, המקומי והמרכזי. בראשית אפריל 1944 הכריזו השלטונות ההונגריים על כמה ערים במחוז בץ'-בודרוג שטח צבאי סגור. בעקבות הכרזה זו נדחסו ב-26 ו-27 באפריל 1944 כ-1,900 יהודי העיר אויווידק (Ujvidek) בבית הכנסת המקומי, ולמחרת הועברו לסבדקה. בסבדקה שוכנו יהודי אויווידק בטחנת קמח נטושה ששימשה מחנה מעצר, ועל יהודי המקום הוטל לדאוג להם למזון. המועצה היהודית שהוקמה בסבדקה, בראשותו של ד"ר זולטן לורנט (Zoltan Lorant), סיפקה את המזון ליהודי אויווידק מהמטבח הציבורי. הותר ליהודי סבדקה להזמין קרובים ומכרים להתגורר עמם. משתי הקהילות נלקחו הגברים לעבודה ביער, ונשים צעירות – לעבודה בשדות. ב-17 במאי 1944 נסגר מחנה המעצר ותושביו נלקחו לבאיה (Baja), וב-27 או ב-28 במאי 1944 הם גורשו משם לגנסרנדורף (Gaenserndorf).
הגטו של יהודי סבדקה הוקם בעיר כשבוע לאחר העברתם של יהודי אויווידק למחנה המעצר בה. הגטו הוקם סמוך לתחנת הרכבת, ועל-פי דיווחי המועצה המרכזית של יהודי הונגריה בבודפשט נצטוו יהודי סבדקה לעקור אליו ב-10 במאי 1944. יהודים שהיו נשואים לבני זוג לא-יהודים נדרשו להתיישב בפאתי הגטו. בגטו פעלו בית חולים ובית יולדות.
ב-16 ביוני 1944 הועברו תושבי הגטו לבצ'למש (Bacsalmas), וב-26 ביוני 1944 הם גורשו משם לאושוויץ.
