בינואר 1941, במיפקד האוכלוסין הארצי האחרון שנעשה בהונגריה לפני הכיבוש הגרמני נמנו בבאיה 1,378 תושבים יהודים ושיעורם באוכלוסייתה היה כארבעה אחוזים. רובם היו סוחרים ובעלי מלאכה והיו בהם גם כמה בעלי בתי חרושת ופקידים. הקהילה היהודית בעיר השתייכה לזרם הנֵאולוגי, ועם מוסדותיה נמנו גן ילדים יהודי, בית ספר יסודי, בית ספר תיכון ואגודות חברתיות ודתיות שונות. בעיר פעלו גם בית חולים יהודי ובית אבות.
משנת 1939 הגיעו לבאיה פליטים יהודים רבים מפולין בדרכם לצרפת ואנגליה. הקהילה היהודית וחבריה סייעו לפליטים אלו ככל יכולתם. בשנת 1942 גויסו רבים מהיהודים לשירות עבודת כפייה במסגרת צבא הונגריה. רובם נספו בחזית המזרחית, באוקראינה.
הצבא הגרמני כבש את הונגריה ב-19 במרס 1944, ומיד אחר כך נכנסו לבאיה יחידות גרמניות. הגרמנים הפקיעו את בית החולים היהודי. בליל 14 באפריל 1944 נעצרו 120 (150 לפי מקורות אחרים) מנהיגים ואישים בולטים מהקהילה היהודית, ובהם גם הרב ד"ר יוז'ף קליין (Jozsef Klein), רבה הראשי של הקהילה, והועברו למחנה המעצר בטופויה (Topolya).
על-פי מיפקד שנערך בשבוע השני של אפריל 1944 השתייכו לקהילה הנאולוגית של באיה 1,200 יהודים.
המנגנון המינהלי ההונגרי נותר על כנו גם אחרי הכיבוש, והיהודים רוכזו בגטאות וגורשו על סמך תקנות וצווים של רשויות השלטון ההונגרי, המרכזי והמקומי. באיה הייתה אחת מארבע הערים ששלטונות הונגריה הכריזו עליהן שטח צבאי סגור, ועל מנת למנוע מהם להסתובב בשטח באופן חופשי הושמו כל היהודים שגרו במחוז בץ'-בודרוג במחנות מעצר. מחנה המעצר בבאיה הוקם בתחומיהם של שתי ממגורות ושני בתי ספר, ואחר כך גם בדיר חזירים ובבית חרושת לרהיטים. כדי לזרז את המעבר לגטאות, הוקמה מועצה יהודית של שבעה חברים, והוטל עליה להכין רשימה של חברי הקהילה היהודית. הרשימה הוגשה ב-13 באפריל.
ראש העיר, ד"ר שנדור ברנהרד (Sandor Bernhardt), הורה להקים את הגטו באחד מאזורי באיה שהיה מאוכלס ביהודים רבים, סמוך לבית הכנסת ולבתי הספר היהודיים, והיהודים אולצו לעבור אליו ב-10 במאי 1944. הגטו לא היה מגודר, ולנוצרים אחדים אף הותר להתגורר בתחומו. בעלי מקצוע יהודים שעבדו בעבור הגרמנים ומשפחותיהם – כ-150 נפשות בסך הכל – שוכנו בחמישה בתים מחוץ לגבולות הגטו.
ב-27 או ב-28 במאי 1944 גורשו לגנסרנדורף (Gaenserndorf) שליד וינה כ-640 מיהודי באיה, ובהם גם היהודים שנאסרו קודם לכן. בסלקציה שנעשתה בגנסרנדורף הופרדו הכשירים לעבודה והוקצו לעבודה בשדות, וכל השאר שולחו לאושוויץ. בגטו נותרו כ-460 יהודים, ובהם עובדים מקצועיים. אלה ניצלו מהגירוש. השאר, רוב תושבי הגטו, הועברו ב-17 ביוני 1944 לבצ'אלמש* (Bácsalmás), וב-26 ביוני גורשו משם לאושוויץ.
מלבד היהודים שעבדו בשירות כוחות הצבא הגרמני המקומי, נותרו בבאיה באופן חוקי רק יהודים בעלי הפטור מגירוש – אלה שקיבלו עיטורי הצטיינות במלחמת העולם הראשונה. ב-13 באוקטובר 1944, כשעזב הצבא הגרמני את באיה, נלקחו כשמונים מהיהודים האלה לגרץ (Graz) שבאוסטריה.
