המכון הבין-לאומי לחקר השואה

בפרוץ מלחמת העולם השנייה חיו בז'רקי כ-3,500 יהודים – יותר ממחצית מתושביה. רובם התפרנסו ממסחר זעיר, מבתי מלאכה וממפעלים קטנים בענפי ההלבשה, הבנייה והמזון. בפעילותם הכלכלית הסתייעו בג'וינט, בבנקים ובמוסדות צדקה יהודיים. בז'רקי פעלו סניפים של מפלגות ותנועות נוער ציוניות, הקימו מועדונים וקיימו בהם פעולות תרבות והסברה, וגם אגודת ישראל ותנועת הנוער שלה פעלו בה. כמו כן פעלו בעיירה חווה להכשרה חלוצית וספרייה עברית.
הגרמנים כבשו את ז'רקי ב-2 בספטמבר 1939. ב-4 בספטמבר נרצחו בירי 90 מיהודי העיירה. היהודים חויבו לסמן את דירותיהם במילה Jude, נאסר עליהם לקיים קשרי מסחר עם לא-יהודים, הוטלו עליהם תשלומי כופר, ויהודים בני 16 ומעלה גויסו לעבודת כפייה.
במועד לא ידוע הועברו יהודי ז'רקי לגטו פתוח. ב-30 בספטמבר 1940 מינו הגרמנים יודנרט ושירות סדר יהודי, שניהם בראשותו של ישראל בורנשטיין.
בחורף 1940/41 הובאו לז'רקי כ-250 פליטים יהודים מפלוצק (Plock). היודנרט פתח מטבח ציבורי לנזקקים. בסוף 1941 פרצה בגטו מגפת טיפוס ורבים נספו בה. במקום הוקם בית חולים קטן.
בקיץ 1942 הקימו חברי "השומר הצעיר" חוות הכשרה חקלאית ליד ז'רקי, והיודנרט ייסד בעיירה בית יתומים. לגטו הגיעו יהודים מוולברום (Wolbrom) ומקילצה, שרידי המגורשים למחנות המוות. שבעה מהפליטים הללו הוסגרו לגרמנים ונרצחו.
ב-1 באוקטובר 1942 נודע ליהודים שהגרמנים מתכננים את גירושם. יושב ראש היודנרט הזהיר את היהודים והמריץ אותם לעשות כל שלאל ידם כדי להינצל. הוא עצמו החליט להישאר בז'רקי כדי לעזור לבני הקהילה. רבים מיהודי ז'רקי נמלטו ליערות או למקומות יישוב אחרים, ובהם פיליצה (Pilica).
ב-6 באוקטובר 1942 ריכזו את כ-800 היהודים שנותרו בז'רקי והריצו אותם לתחנת הרכבת זלוטי פוטוק (Zloty Potok), ומשם גירשו אותם למחנה ההשמדה טרבלינקה. 23 יהודים שנמצאו במקומות מסתור נרצחו במהלך החיפושים, ואחרים נרצחו במהלך הריצה.
בז'רקי נותרו 30 יהודים כדי לאסוף את חפצי המגורשים. רוב הבורחים והמסתתרים נתפסו עד תחילת 1943 והועברו לגטו חוזר שהוקם בפיליצה, בצ'נסטוחובה (Czestochowa) ובפיוטרקוב טריבונלסקי (Piotrkow Trybunalski), ומשם גורשו בקבוצות למחנות המוות.