גרמניה הנאצית תקפה את ברית המועצות ב-22 ביוני 1941 ועד דצמבר 1941 כל שטחי אוקראינה נכבשו על ידי הגרמנים. הלאומנים האוקראינים קיבלו בברכה את פני הכובשים הגרמנים. אישי ציבור, כולל מנהיגי כנסייה, ברכו אותם בתור משחרריה של מולדתם מעול השלטון הסובייטי. אוקראינים רבים וחלק משבויי המלחמה של הצבא האדום ממוצא אוקראיני הצטרפו מרצונם ליחידות עזר גרמניות ובשנת 1943 נעשו הכנות להקמת יחידת אס אס אוקראינית במסגרת הוואפן אס אס (Waffen-SS). תחת זאת, האוקראינים לא זכו בעצמאות ורוב שטח מדינתם הוכפף לשלטון אדמינסטרטיבי גרמני (Reich Kommissariat Ukraine). יתר השטח הפך לשטח צבאי וגליציה המזרחית סופחה לגנרלגוברנומן (Generalgouvernment) של פולין.
רצח יהודי אוקראינה בוצע בעיקר על ידי יחידות האיינזצגרופן (Einsatzgruppen) – יחידות ניידות שנעו בעקבות הצבא הגרמני וירו ביהודים - והאס דה (SD). הן קיבלו סייעו רחב מיחידות עזר אוקראיניות שריכזו יהודים, שמרו עליהם ובמקרים רבים גם השתתפו ברצח. אלו שהחביאו יהודים חיו בצל סכנת חיים מתמדת מצד הגרמנים וגם מצד שכניהם. על אף הסכנות, היו אנשים יחידים ולעתים גם כפרים שלמים שהציעו להסתיר יהודים.