בשבוע טרם פרוץ מלחמת העולם השניה, חתמו גרמניה הנאצית וברית המועצות על הסכם אי התקפה. כאשר פלשו הגרמנים לפולין בספטמבר 1939, השתלטה ברית המועצות על המחוזות המזרחיים של פולין. ליטא שמרה על עצמאותה לשנה נוספת, אך בקיץ 1940 סיפחה ברית המועצות את המדינות הבלטיות.
הפלישה הגרמנית לפולין ותחילת רדיפת היהודים באזורי הכיבוש הגרמניים גרמו לבריחה המונית מזרחה. כ 15,000 יהודים מפולין הגיעו לליטא שעדיין היתה עצמאית. כלואים בין גרמניה הנאצית מצד אחד וברית המועצות הסוביטית מצד שני, ניסו נואשות למצוא דרך מילוט. השתלטותה של ברית המועצות על ליטא החמירה את מצבם של הפליטים היהודים, ולאחר חלוף שנה נוספת נסגר גם חלון המילוט הצר הזה – בקיץ 1941 נכבשה ליטא על ידי ברית המועצות ורוב היהודים בה נרצחו.