בשנות ה-30 פרחה הקהילה היהודית בפראג. לאחר עליית היטלר לשלטון הגיעו פליטים רבים לפראג והגדילו את אוכלוסיית היהודים לכ-56,000. גרמניה דרשה את החזרת הסודטים, אזור גבול של צ'כוסלובקיה, שהכיל אוכלוסייה בעל רוב אתני גרמני, לרייך הגרמני. בשלהי קיץ 1938 איים היטלר לפתוח במלחמה באירופה אם לא יעבור חבל הסודטים על אוכלוסייתו הגרמנית לרייך הגרמני. מנהיגי בריטניה, צרפת, איטליה וגרמניה קיימו ועידה במינכן ב-29-28 בספטמבר 1938. בהסכם מינכן הוסכם על סיפוח הסודטים לגרמניה בתמורה להבטחת השלום של היטלר.
ב-15 במרץ 1939, בהפרה בוטה של הסכם מינכן, פלש היטלר וכבש את הפרובינציות הצ'כיות בוהמיה ומוראביה והפך אותן לארצות חסות גרמניות. כדי להימלט מן הכיבוש הגרמני ניסו יהודים לעבור לפולין שהייתה עצמאית. ששה חודשים לאחר כיבוש השטחים הצ'כים, תקפה גרמניה הנאצית את פולין, מלחמת העולם השניה פרצה והבריחה דרך פולין כמו גם בדרכים אחרות נחסמה. בין אוקטובר 1941 למרץ 1945, 46,067 יהודים גורשו מפראג, רובם לגטו טרזין שבו רוכזו גם יהודים צ'כים. עבור רוב היהודים האלה, טרזין היה מחנה מעבר ומשם שולחו אל מותם באושוויץ.