לאחר הכיבוש הגרמני, באפריל 1941, חולקה יוגוסלביה בין גרמניה ובעלות בריתה.
קרואטיה ובוסניה- הרצגובינה אוחדו למדינת חסות קרואטית אשר נשלטה על ידי משטר הבובות של תנועה פשיסטית בשם אוסטשה (Ustaša). השלטון החל בביצוע תכנית "טיהור קרואטיה מיסודות זרים". מאות אלפי סרבים גורשו או נרצחו באכזריות רבה במחנות שהוקמו על ידי האוסטשה. ריכוזם של היהודים במחנות החל ביוני 1941, ועד סוף שנת 1941 גורשו שני שלישים מיהודי קרואטיה למחנות. רובם המכריע נרצחו עם הגעתם למחנות.
באוגוסט 1942 ובמאי 1943 גירשו הגרמנים את שארית היהודים מקרואטיה לאושוויץ.
כ-30,000 מתוך 37,000 יהודי קרואטיה נספו בשואה.