לאחר הכיבוש הגרמני, באפריל 1941, חולקה יוגוסלביה בין גרמניה ובעלות בריתה.
קרואטיה ובוסניה - הרצגובינה אוחדו למדינת חסות קרואטית, עצמאית כביכול, אשר נשלטה על ידי משטר הבובות של תנועה פשיסטית בשם האוסטשה (Ustaša). השלטון החל בביצוע תכנית "לטהר את קרואטיה מיסודות זרים". מאות אלפי סרבים גורשו או נרצחו באכזריות רבה במחנות שהוקמו על ידי האוסטשה. ריכוזם של היהודים במחנות החל ביוני 1941, כאשר ריכוזם של יהודי סרייבו נמשך בין אוגוסט 1941 עד ראשית 1942. הגברים נשלחו למחנה יאסנובאץ' (Jasenovac), ממנו חזרו רק מעטים בחיים, והנשים והילדים נשלחו לשני מחנות: לובוגראד, ממנו גורשו באוגוסט 1942 לאושוויץ ודייקובו (Djakovo), בו נספו רבים ממגפות או נשלחו למחנות אחרים.
12,000 מתוך 14,000 היהודים שחיו בבוסניה לפני המלחמה נספו בשואה.