לפני מלחמת העולם השנייה חיו בקובנה כ-40,000 יהודים. הגרמנים כבשו את קובנה ב-24 ביוני 1941, ובתוך שישה שבועות רצחו כ-10,000 יהודים. באוגוסט סגרו הגרמנים את יתר 30,000 יהודי קובנה בגטו ועד נובמבר רצחו 12,000 יהודים נוספים. את היתר השאירו בחיים כעובדי כפייה התורמים למאמץ המלחמתי הגרמני.
בסתיו 1943 כתב לייב גרפונקל, מראשי היודנרט בגטו קובנה:
כל יום התקרבה החזית לטריטוריה של ליטא ואיתה התקרבה פעולתם של הפרטיזנים הסובייטים. מטוסים סובייטים הופיעו לעתים קרובות מעל לעיר קובנה והפציצוה. רווחו שמועות שבליטא כבר פועלים צנחנים רוסיים. כתוצאה מכל זאת חל שינוי מרחיק לכת במצבו המנהלי של הגטו: הוא חדל מלהיות גטו במובנו הרגיל והיה רשמית למחנה ריכוז.
בספטמבר 1943 מונה קצין האס-אס וילהלם גקה כמפקד גטו קובנה. תפקידו היה להעביר את השלטון בגטו מהרשויות האזרחיות לידי האס-אס, לצמצם את תפקידי היודנרט בגטו ולפזר את תושבי הגטו בין מחנות עבודה. סיפר גרפונקל:
נגזר על היהודים לעבור עם משפחותיהם ולגור בצריפים שבמקומות העבודה שלהם – הגברים לחוד והנשים עם הילדים לחוד. נגזר על ציבור של כ-16,000 יהודים בגטו קובנה להתפזר במחנות נפרדים ומנותקים זה מזה. (קובנה היהודית בחורבנה, ע' 148-147)
בסוף אוקטובר 1943 רוכזו כ-2,700 יהודים מהגטו בשדה התעופה של קובנה ונעשתה בהם סלקציה. בלתי כשירים לעבודה גורשו לאושוויץ-בירקנאו ושם נרצחו. בסוף נובמבר ובדצמבר 1943 הועברו 6,000-5,000 מיהודי הגטו למחנות בסביבות קובנה. בגטו קובנה נותרו 8,000-7,000 יהודים ושטחו צומצם.
הימלר הורה לחסל את כל היהודים שאינם כשירים לעבודה, ובייחוד את הילדים, אך גם אחרי האקציות שבהן נרצחו מי שנחשבו לא כשירים לעבודה, נשארו ילדים בגטו קובנה ובמחנות העבודה סביבו. במרס 1944 הוצאו מהגטו וממחנות באזור קובנה מעל 1,500 ילדים במצוד האכזרי שנחרט בזיכרונם של שורדי הגטו כ"אקציית הילדים".
ביולי 1944, לאור התקרבות הצבא האדום, החלו הגרמנים לפנות לגרמניה את אלפי היהודים שעוד נותרו בגטו ובמחנות העבודה. אלפי יהודים התחבאו בבונקרים בגטו. גקה הורה לפוצץ ולשרוף את כל בתי הגטו. כ-1,500 יהודים נהרגו. רק עשרות יהודים שרדו בשטח הגטו. רוב היהודים נתפסו בגטו ובמחנות העבודה, פונו לגרמניה ונספו במחנות הריכוז שטוטהוף ודכאו.
קובנה שוחררה ב-1 באוגוסט 1944. כ-3,000 מיהודי קובנה שרדו את השואה.
ארכיון התמונות של יד ושם, אוסף אברהם תורי, 7003/86 (Tory)
