קובנה היתה מרכז רוחני ותרבותי חשוב של יהדות מזרח אירופה. העיר התפרסמה בישיבתה, ששכנה בפרבר סלובודקה (ויליאמפולה) בקובנה התקיימה פעילות ציונית ענפה ופעלה רשת מוסדות חינוך עבריים, מגני ילדים עד סמינרים למורים.
לאחר מלחמת העולם הראשונה היתה קובנה בירתה של ליטא העצמאית. ב-1940 סופחה עם ליטא לברית המועצות ובה כ-40,000 יהודים, כרבע מתושביה. השלטון הסובייטי סגר את מוסדות החינוך העבריים ואת רוב ארגוני התרבות והחברה. ארבעה מתוך חמישה היומונים ביידיש נסגרו; אחד הפך לבטאון המפלגה הקומוניסטית. ב-14 ביוני 1941, כשבוע לפני פלישת הגרמנים, נאסרו והוגלו לסיביר מאות משפחות יהודיות ובכללם משפחות של בעלי מפעלים, סוחרים, אישי ציבור, פעילים ומנהיגי מפלגות ציוניות.
עם פלישת גרמניה לברית המועצות ב-22 ביוני 1941, ועוד לפני כניסת הגרמנים לקובנה, החלו ליטאים לרצוח יהודים בעיר. ב-24 ביוני כבשו הגרמנים את קובנה והרציחות נמשכו בהכוונתם. בסוף יוני ובתחילת יולי נעצרו כ-10,000 יהודים – גברים, נשים וילדים – שהיו כרבע מיהודי העיר. הם הועברו לאתרים כגון הפורט התשיעי, הפורט השביעי והפורט הרביעי, מצודות בין שרשרת מצודות שנבנו במאה ה-19 סביב קובנה. בפורט השביעי הופרדו הגברים מהנשים והילדים. הגברים הוחזקו תחת כיפת השמיים. שומריהם הליטאים התעללו בהם וירו ברבים מהם באופן שרירותי.
ב-6 ביולי ירו הליטאים ביתר אלפי הגברים היהודים ששרדו בפורט השביעי עד אז. עד סוף יולי נרצחו בפורט השביעי כ-10,000 יהודים. עשרות נשים יהודיות נאנסו בפורט השביעי בידי ליטאים ונרצחו. כעבור מספר ימים שוחררו יתר הנשים והילדים. בהמשך יולי נורו בפורט השביעי עוד עשרות גברים יהודים.
הגרמנים ריכזו את יהודי קובנה בגטו. באוגוסט נסגר הגטו ובו כמעט 30,000 יהודים. באמצע אוגוסט התחדש הרצח ההמוני של יהודי קובנה. הרוצחים היו שוטרים גרמנים וליטאים ואנשי אס-אס גרמנים. בתוך חודשיים וחצי נרצחו מחוץ לגטו כ-3,000 יהודים מהגטו. עד סוף 1941 נרצחו ב"פורט התשיעי" ובפורט הרביעי עוד כ-14,000 יהודים מגטו קובנה, כמחציתם ילדים. רובם נרצחו ביום אחד בסוף אוקטובר, לאחר יום של סלקציה בגטו.
בסוף 1941 נרצחו בפורט התשיעי עוד 20,000 יהודים שהועברו לקובנה מהרייך הגרמני (שטחי גרמניה, אוסטריה ומערב פולין של היום). לאחר מכן פסקו הרציחות עד מרס 1944. בגטו קובנה נותרו כ-17,000 יהודים. בסתיו 1943 הפך גטו קובנה למחנה ריכוז וכ-6,000 יהודים הועברו ממנו למחנות קטנים סמוכים. במרס 1944 נלקחו מגטו קובנה כ-1,800 תינוקות, ילדים וזקנים ונרצחו בפורט התשיעי.
ביולי 1944 קרב הצבא האדום לקובנה. לפני שנסוגו גירשו הגרמנים אלפי יהודים מקובנה למחנות ריכוז מערבה מקובנה, בעיקר בשטח גרמניה, שרפו בשיטתיות את הגטו בית אחר בית ורצחו כ-2,000 מיהודי קובנה שניסו להסתתר בשטח הגטו. עם כניסת הצבא האדום ב-1 באוגוסט 1944 שרדו 90 יהודים בלבד במסתורים בשטח הגטו. מתוך 40,000 יהודי קובנה שרדו בשואה פחות מ-2,500.
בראשית שנות התשעים, לאחר נפילת ברית המועצות, הוקמו בפורט התשיעי, בפורט השביעי ובפורט הרביעי אנדרטאות להנצחת זכר הרציחות ההמוניות של היהודים על ידי הנאצים ועוזריהם המקומיים.למידע נוסף על יהודי קובנה בתקופת השואה לחצו כאן.
ארכיון התצלומים של יד ושם 2725/17
![חברי המיליציה הליטאית מובילים יהודים ל"פורט השביעי" בקובנה, ליטא, 25 ביוני 1941](https://www.yadvashem.org/sites/default/files/06_184.jpg "חברי המיליציה הליטאית מובילים יהודים ל"פורט השביעי" בקובנה, ליטא, 25 ביוני 1941")
