בחורף של תחילת 1943 החליטו הגרמנים לטהר מיהודים רצועה ברוחב 50 קילומטרים לאורך הגבול בין ליטא לבלרוס, כי חששו שיהודי הגטאות באזור קשורים לפעילות הפרטיזנים. בחודש מרס הודיעו הגרמנים שיש בכוונתם לחסל את הגטאות האלה ולהעביר חלק מתושביהם לגטאות הגדולים של וילנה וקובנה, וחלק – למחנות עבודה. במהלך מרס הועברו לגטו וילנה כ-1,250 יהודים מגטאות אושמיאנה, שוויינציאני ומיכלישקי. עוד כ-1,450 איש מאושמיאנה נשלחו למחנות עבודה. לשאר נאמר שהם מיועדים לגטו קובנה.
יהודים אלה הועמסו על קרונות בעיירות סולי ונובו-שוויינציאני (שוויינציאני החדשה). כמה ימים לפני כן פרסמו הגרמנים הודעה בגטו וילנה: בעלי קרובים בקובנה יכולים להצטרף לרכבת שתעבור בווילנה ותגיע לקובנה. כ-350 איש הובאו מגטו וילנה לתחנת הרכבת והוכנסו לקרונות שנועדו להתחבר לרכבת בדרכה לקובנה. כמעט כל האנשים האלה הגיעו מהעיירות וביקשו לעבור לגטו קובנה ולהתאחד עם משפחותיהם. גם ראש הגטו יעקב גנס וכמה מאנשי שירות הסדר היהודי צורפו לרכבת. הרכבת יצאה בלילה שבין 4 ל-5 באפריל. לאחר שיצאה הרכבת התברר שיעדה הוא פונאר. בתחנת פונאר לקחו שוטרים ליטאים את גנס ואת אנשי שירות הסדר היהודים בחזרה לווילנה ומסרו אותם למשטרת הביטחון הגרמנית. עם אור ראשון ראו היהודים דרך האשנבים שהגיעו לפונאר. כשנפתחו הדלתות נלקחו האנשים אל הבורות ונורו. מאות ניסו לברוח אך רובם נורה בתחנת הרכבת ורק בודדים הצליחו להימלט.
גורל דומה פקד גם את אנשי גטו שוויינציאני שהגיעו ב-5 באפריל לפנות בוקר ברכבת לווילנה. חמישה קרונות נותקו מהרכבת ונשלחו למחנה בזדאני (Bezdany) ; שני קרונות ובהם אנשי היודנראט מגטו שוויינציאני ומהגטאות האחרים נותקו אף הם ונשארו בווילנה. יתר הקרונות הוסעו מהתחנה בווילנה לפונאר. כשהבינו האנשים לאן הגיעו, פרצו מהקרונות והחלו לברוח. היו שהתנגדו ותקפו בנשק ובאגרופים את הליטאים והגרמנים שהקיפום. הגרמנים והליטאים ירו בהמון. כ-600 יהודים נרצחו בתחנת הרכבת ובשדות הסמוכים.
כ-3,800 יהודים שהובלו ברכבות מסולי ומנובו-שוויינציאני נרצחו באותו יום בפונאר. עשרות בורחים הצליחו להגיע לגטו וילנה. למשטרת הביטחון נודע הדבר והיא דרשה את הסגרתם, אך הגרמנים ביטלו את הדרישה כדי להפיג את חששותיהם של יהודי הגטו. לגנס הובטח שלגטו וילנה לא צפויה כל סכנה.
למחרת החלו יהודים, אנשי שירות הסדר שהובאו מגטו וילנה, לקבור את הגופות. היתה זו הפעם הראשונה שבה אפשרו הגרמנים לאנשי הגטו לראות את גיא ההריגה בפונאר. תשע עגלות הגיעו מפונאר לגטו עם מזון וחפצי הנרצחים ועוררו מחלוקת חריפה בין יושביו. חלקם התנגד לשימוש בחפצי אחיהם המוכתמים בדם ואחרים צדדו בכך בנימוק שזה יעזור ליהודי הגטו לשרוד. תושבי הגטו היו מוכי ייאוש.
כעבור פחות מחצי שנה, בספטמבר 1943, חוסל גטו וילנה ויושביו נשלחו למחנות עבודה ולהשמדה.
