הקהילה נפגעה קשות בעלילות דם ובפוגרומים של מקומיים ופולשים. בפרעות ת"ח ות"ט, במאה ה-17, הושמדה הקהילה אך בסוף המאה הורשו יהודים להתגורר שוב בעיר ולהקים בה מוסדות קהילה ועסקים. במאה ה-18 נפגעה העיר ברעידת אדמה ובשריפות, ומעת לעת שבה ונפגעה הקהילה בפוגרומים. ב-1740, באחד הפוגרומים, נהרס בית הכנסת אך בסוף המאה שוקם, נוסף לו בית מדרש והוקם בית כנסת חדש.
בסוף המאה ה-18 כבשה פרוסיה את האזור. היהודים חויבו במסים גבוהים, אך במקביל הוקם בעיר בית ספר לילדים יהודים, לשם החדרת ההשכלה, ולימדו בו גרמנית ומתמטיקה. בית הספר פעל כעשר שנים בלבד.
במאה ה-19, תחת שלטון הצארות הרוסית, קיימה הקהילה מוסדות סעד ורווחה, בהם חברה קדישא, ביקור חולים, הקדש לאשפוז חולים וקופת צדקה. רוב חבריה עסקו במסחר ובמלאכה. בין חבריה היו עשירים שהתבוללו, חסידים ומתנגדים, ובין רבניה היו אישי שם וכותבי ספרי הלכה, בהם ר' דב בריש אדלשטיין, מצאצאי הרמ"א, הרב אליעזר ואקס, שהטיף לתמיכה ביישוב היהודי בארץ ישראל ואף ביקר בה, והרב החסידי שמחה יאיר רוזנפלד. עוד ישבו בה מספר אדמו"רים, בהם האדמו"ר מנחם מאיר פינקלר (נפטר ב-1912) שדיבר עברית והעביר את תרומות חסידיו לתמיכה ביישוב היהודי בארץ ישראל.
באמצע המאה ה-19 הפכה פיוטרקוב טריבונלסקי לבירת הנפה. בעיר הוקמו בית משפט גבוה, משרדי ממשל, בנק ממלכתי, בסיס צבאי ומוסדות שלטון נוספים. הדבר הביא לגידול במספר התושבים ולצמיחת העיר. בתקופה זו הוקם בית הספר היהודי ה"משכילי" הראשון בעיר, ומורהו הראשון היה אדולף לייברג, בוגר בית המדרש לרבנים בוורשה.
בסוף המאה ה-19 הוקמו מפעלי התעשייה הראשונים בעיר. רובם היו בידי יהודים, כמו גם רוב החנויות בעיר. בתקופה זו הקימו יהודי העיר בית כנסת גדול נוסף, לפי נוסח יהודי גרמניה, והחזיקו בעיר מספר מוסדות סעד, בהם חברת הצדקה "דוברוצ'יננושץ'", קופה לעזרה הדדית, "ביקור חולים", "לינת צדק" לסיוע לחולים, חברה קדישא, מושב זקנים ועוד.
בסוף המאה ה-19 נוסד בפיוטרקוב טריבונלסקי סניף של תנועת "חיבת ציון" ובתחילת המאה ה-20 נוסד בעיר סניף של ה"בונד". יהודים מפיוטרקוב טריבונלסקי היו גם מראשוני המפלגה הסוציאליסטית הפולנית.
