ב-1 ביולי 1941, כשבועיים לאחר שפלשו גרמניה ובעלות בריתה לברית המועצות, כבש הצבא ההונגרי, בעל בריתם של הגרמנים, את נדבורנה. אנשי ציבור יהודים הקימו ועד ופנו לממשל הצבאי ההונגרי בבקשה למנוע התנכלויות מצד האוקראינים, אך ללא הועיל. בפוגרום שעשו האוקראינים באמצע יולי נרצחו עשרות יהודים. כעבור מספר שבועות גורשו לנדבורנה כ-1,000 יהודים ללא אזרחות הונגרית מחבל קרפטורוס שהיה בידי הונגריה, ומספר יהודי העיר הגיע לכ-5,500.
בספטמבר 1941 עברה נדבורנה לשלטון הגרמנים. הוקם בה יודנרט בראשות ד"ר מקסימיליאן של וסגנו יצחק שפירא. היהודים נצטוו לשאת סרט זרוע לבן ועליו מגן דוד כחול, והיו שנחטפו לעבודת כפייה. בד בבד נמשכו מעשי רצח והתנכלויות של האוקראינים. בין הקרבנות היה ד"ר מיכאל שטרר, יושב הראש האחרון של ועד הקהילה עד המלחמה.
ב-6 באוקטובר 1941 החלה אקציה המונית. גרמנים ושוטרים אוקראינים פרצו לבתי היהודים והחלו לרכז את יושביהם בכיכר ליד הכנסיה. בדרך לכיכר נרצחו רבים שסירבו ללכת לשם, ואחרים נרצחו כשניסו להימלט מהכיכר. אחר הצהריים הוסעו היהודים במשאיות ליער בוקובינקה (Bukowinka), שם נורו והושלכו לבורות. באקציה נרצחו יותר מ-2,000 יהודים, רבים מהם נשים, ילדים וקשישים. בנוסף ליהודים מנדבורנה נרצחו גם יהודים מכפרי הסביבה ופליטים מקרפטורוס. הכובש הגרמני החרים את דירות הנרצחים ורוב תכולתן ואת הנותר שדדו אוקראינים בני המקום.
מספר ימים לאחר הטבח של אוקטובר השיגו יתר יהודי העיר רשות מהגרמנים לכסות את הבורות והנרצחים בבוקובינקה, משום שרבות מגופות הנרצחים נותרו על פני הקרקע. יהודי העיר גידרו את המקום ואמרו קדיש בציבור לזכר הנרצחים.
