באוגוסט 1940 סופחה לטביה לברית המועצות. לייפאיה (Liepāja) הפכה לאחד הנמלים החשובים בים הבלטי. אלפי חיילים סובייטיים ובני משפחותיהם השתקעו בעיר והמצב הכלכלי השתפר. לפני הכיבוש הסובייטי, בתקופת שלטונו הלאומני של אולמניס בלטביה, היו משרות במפעלים ממשלתיים ובשירות הציבורי סגורות בפני יהודים. כעת יכלו יהודים להתקבל למשרות אלה, בין היתר בבנק העירוני ובמחלקות התרבות והבריאות של העירייה. היהודים יכלו להתגייס לצבא ולמשטרה וללמוד באוניברסיטאות ובמוסדות להשכלה גבוהה. בשל השיפור במעמדם של היהודים גברה האנטישמיות בקרב האוכלוסיה הלטבית הנוצרית.
לאחר מספר חודשים החל השלטון הקומוניסטי להלאים רכוש פרטי ועסקים פרטיים. יהודים רבים איבדו את פרנסתם ואת עסקיהם. השכר ירד, תקנות כלכליות הקשו על המסחר ומפריהן נאסרו. עד דצמבר 1940 חוסלו מוסדות התרבות, הבריאות והסעד של הקהילה, נסגרו האגודות "הכנסת כלה" ו"מלביש עירומים", הופסקה פעילותה של "מכבי" ונסגרה חברה קדישא. פעילות המפלגות ותנועות הנוער הופסקה בהדרגה, והותרה רק פעילותם של בתי כנסת ומוסדות סעד מעטים וכן בית ספר ביידיש, וגם זאת רק לאחר שהתאים עצמו לתכנית הלימודים הסובייטית.
באמצע יוני 1941 הוגלו מלייפאיה למעלה מ-50 משפחות יהודיות מקרב בעלי הרכוש לשעבר, באשמה שהם בורגנים ואויבי מעמד הפועלים. רוב ראשי המשפחות נכלאו במחנה הריכוז הסובייטי ויאטלאג (Viatlag) ברוסיה, שם נספו רובם ברעב ובמגפות. בני משפחותיהם, נשים וילדים, נשלחו למקומות יישוב בברית המועצות ורובם נספו. מעטים מהם שרדו וזכו לשוב ללטביה לאחר המלחמה.