בתקופה זו עדיין לא היתה הונגריה כבושה בידי הגרמנים אם כי היהודים סבלו מחקיקה הונגרית אנטי-יהודית. ההונגרים נישלו את היהודים מעסקיהם, גזלו את רכושם ופגעו בפעילות המוסדות היהודיים. קהילת יהודי ג'ור לא היתה פטורה מתלאות מלחמת העולם השנייה. בשנת 1942 גויסו רוב הגברים היהודים בני העיר לעבודת כפייה במסגרת פלוגות "שירות העבודה" שפעלו בצבא ההונגרי. הונגריה היתה בעלת ברית של גרמניה הנאצית, וצבאה נלחם לצד גרמניה. רוב הגברים היהודיים מג'ור שגויסו ל"שירות העבודה" נשלחו לחזית המזרחית, באוקראינה, שם נספו רבים מהם.
ב-19 במרס 1944 כבשה גרמניה הנאצית את הונגריה ובכללה ג'ור. באפריל ערכו הכובשים הנאצים מפקד ובו נמצא כי רוב יהודי העיר, כ-4,000 מהם, השתייכו לקהילה הנאולוגית, ויתרתם – לקהילה האורתודוקסית.
הגרמנים פיזרו את ההנהגה היהודית וציוו על יהודי ג'ור להקים מועצה יהודית חלופית, שייצגה מספר קהילות יהודיות באזור. סוחר העצים יאנוש בירינגר (Janos Biringer), שהיה פעיל בקהילה הנאולוגית, מונה לתפקיד נשיא המועצה היהודית האזורית. ד"ר ג'ולה אונגר (Gyula Unger), נשיאה האחרון של הקהילה הנאולוגית בג'ור, מונה נשיא המועצה היהודית המקומית.
ב-10 במאי 1944, פחות מחודשיים לאחר הכיבוש הגרמני, הורה ראש עיריית ג'ור, ינו קולר (Jeno Koller), ליהודי העיר לעבור בין 15 ל-17 במאי לבתים שהוקצו לגטו בשני מקומות – בלב העיר ג'ור ועל האי ג'ורסיגט (Győrsziget) הסמוך שנכלל בשטח המוניציפלי של העיר. שר הפנים ההונגרי אנדור ירוש (Andor Jaross ) התנגד לקיומו של גטו בלב העיר ועל כן אולצו כל היהודים לעקור לגטו ג'ורסיגט עד 31 במאי. בשל הצפיפות הרבה בגטו נאלצו היהודים להשאיר את חפציהם מחוץ לדירותיהם בגטו.
יהודים גורשו לג'ור מכל מחוז ג'ור-מושון, ובראשית יוני, לאחר הגירוש, התגוררו בגטו ג'ורסיגט אלפי בני אדם בצפיפות של כ-30 נפשות בחדר אחד. ההגמון הקתולי של ג'ור, וילמוש אפור (Vilmos Apor), מחה בפני שר הפנים על הצפיפות בגטו ועל הכללתם בגטו של יהודים שהמירו דתם לנצרות, אבל התערבותו הייתה לשווא.
