בינואר 1941, במיפקד האוכלוסין הארצי האחרון בהונגריה לפני הכיבוש הגרמני, נמנו בסצ'נייה 280 יהודים ושיעורם בכלל אוכלוסייתה היה כשבעה אחוזים. רובם היו סוחרים ובעלי מלאכה. הקהילה היהודית בעיירה השתייכה לזרם האורתודוקסי וקיימה בית ספר יסודי יהודי.
משנת 1940 נעצרו ונכלאו סוחרים ובעלי מלאכה יהודים שהתחרו בסוחרים ובעלי מלאכה נוצרים. הם וצעירים יהודים אחרים גויסו ב-1941 לשירות עבודת כפייה במסגרת צבא הונגריה.
הצבא הגרמני כבש את הונגריה ב-19 במרס 1944. המנגנון המינהלי ההונגרי נשאר על כנו גם לאחר הכיבוש, והיהודים רוכזו בגטאות וגורשו על-פי תקנות וצווים של רשויות השלטון ההונגרי, המרכזי והמקומי. על סמך "צו הקמת הגטאות" שפרסם ראש ממשלת הונגריה ב-28 באפריל 1944, הורה סגן הממונה על מחוז נוגרד, שנדור ניאוגרדי הורבט (Sandor Neogradi Horvath), לסלק את היהודים מכל היישובים במחוז ולבודד אותם ב"אזורי מגורים" נפרדים. ב-5 במאי 1944 הוקם בסצ'נייה גטו ("יישוב ארעי"). נוסף על יהודי העיירה נצטוו לעקור אליו גם 445 יהודים מנפת סצ'נייה.
הצפיפות בגטו סצ'נייה הייתה גדולה, ובכל חדר נדחסו 20-16 בני אדם. לתושבי הגטו הותר לבקר בעיירה בין אחת לשתיים אחר הצהריים, אך נאסר עליהם לעשות קניות כלשהן. למעט ילדים עד גיל 14 וזקנים נדרשו כל תושבי הגטו לעבוד במחסני הצבא. עם זאת, תושבי הגטו לא סבלו חרפת רעב, וגם החולים קיבלו טיפול רפואי. ז'נדרמים הונגרים חקרו יהודים בעינויים כדי שיגלו היכן הסתירו חפצי ערך.
ב-1 ביוני 1944 הועברו תושבי גטו סצ'נייה לגטו לושונץ (Losonc) וממנו למרכז השילוח של ניירישטניה (Nyirjestanya), וב-11 וב-14 ביוני גורשו בשני טרנספורטים לאושוויץ.
