בינואר 1941, במיפקד האוכלוסין הארצי האחרון בהונגריה לפני הכיבוש הגרמני, נמנו בססרגן 1,635 תושבים יהודים שהיו כ-16 אחוזים מאוכלוסייתה. רובם היו סוחרים ובעלי מלאכה ועסקו בעיקר בתעשיית היין והסחר בו וגם בסחר בעץ. הקהילה היהודית בעיר השתייכה לזרם האורתודוקסי והיו בה גם קבוצות של חסידים. עם מוסדות החינוך היהודי בעיר נמנו בית ספר יסודי, חדרים פרטיים ותלמוד תורה. בין שתי מלחמות העולם פעלו בעיר תנועות ציוניות ואגודת ישראל.
ססרגן שבצפון טרנסילווניה השתייכה בעבר להונגריה, ואחרי מלחמת העולם הראשונה סופחה לרומניה. ב-30 באוגוסט 1940 חזרה העיר לריבונות הונגריה. התחיקה האנטי-יהודית שחוקקו ההונגרים נאכפה באזור בחומרה גדולה משנאכפה בהונגריה עצמה.
בקיץ 1941 גירשו השלטונות ההונגריים לאוקראינה הנתונה לכיבוש הגרמני עשר משפחות יהודיות שלא יכלו להוכיח שהן בעלות אזרחות הונגרית. האדמו"ר של שוליטה (Sulita), רבי יעקב ישראל ישורון רובין, שהתיישב בעיר עם חסידיו לאחר מלחמת העולם הראשונה, עשה כל שביכולתו לסייע למיועדים לגירוש ואף הסתיר בביתו שתיים מהמשפחות. המגורשים נרצחו בקמנץ-פודולסקי (Kamenets-Podolsk) ב-27 או 28 באוגוסט.
ב-1942 גויסו גברים יהודים רבים מססרגן לשירות עבודת כפייה במסגרת צבא הונגריה. רובם הוצבו בחזית המזרחית באוקראינה, ורבים מהם נספו שם. בעיר פעל מרכז גיוס לשירות עבודת הכפייה, והמגויסים היהודים נדרשו להתייצב שם. הרב ישורון רובין הסתיר כמה יהודים שהצליחו לברוח מעבודת הכפייה או דאג להם למקומות מחבוא אצל אחרים.
הצבא הגרמני כבש את הונגריה ב-19 במרס 1944. על-פי מיפקד אוכלוסין שנערך בשבוע השני של אפריל 1944, השתייכו לקהילה האורתודוקסית של ססרגן 1,682 יהודים.
המינהל ההונגרי נשאר על כנו גם לאחר הכיבוש הגרמני, והיהודים רוכזו בגטאות וגורשו על סמך הוראות וצווים של רשויות השלטון ההונגרי, המרכזי והמקומי. בעקבות ועידה שהתכנסה ב-28 באפריל 1944 לדיון בגטואיזציה של היהודים בצפון טרנסילווניה, הורה ראש עיריית ססרגן, אימרה שמידט (Imre Schmidt), להקים גטו בעירו. הגטו הוקם ב-3 במאי 1944, במפעל מקומי ללבנים. נוסף על יהודי העיר רוכזו בגטו שבמפעל הלבנים גם יהודים מהנפות שבדרום מחוז מרוש-טורדה ומצפון מחוז צ'יק (Csik), ובסך הכל שוכנו בו כ-4,000 יהודים. לכמה משפחות הותר לעבור לבניינים סמוכים. מפקד הגטו היה סגן המפקח המקומי של המשטרה, ינוש דודס (Janos Dudas). המפקד המקומי של הצבא ההונגרי, מיור לסלו קומרומי (Laszlo Komaromi), ומנהיג צלב החץ בססרגן, ג'ורג' פלקי קוגלר (Gyorgy Feleki Kugler) פיקדו על כמה פשיטות על הגטו. קציני משטרה וז'נדרמריה חקרו ועינו את תושבי הגטו כדי לגלות היכן החביאו את חפצי הערך שלהם.
גברים יהודים רבים נשלחו לעבודה בבניית שדה תעופה צבאי סמוך, ואופים יהודים הועסקו במאפיות של הצבא. כ-20 נשים יהודיות נשלחו לנקות ולבשל בעבור הכוחות הגרמניים שהוצבו בעיר.
תושבי גטו ססרגן גורשו לאושוויץ ב-4 ביוני 1944, ואִתם גורשו גם תושבי גטו שפשיסנטג'ורג' (Sepsiszentgyorgy), שהועברו לססרגן ב-31 במאי (על-פי מקורות אחרים גורשו היהודים מססרגן בשתי קבוצות, ב-4 ביוני וב-10 בו).
