המכון הבין-לאומי לחקר השואה

בפרוץ מלחמת העולם השנייה ישבו בסובייניה יז'יורי כ-1,400 יהודים – כשלושה רבעים מאוכלוסייתה – והתפרנסו בדוחק ממסחר וממלאכה. בעיירה היו קופת גמ"ח, בנק וספרייה, ופעלו בה סניפים של מפלגות ציוניות ושל אגודת ישראל.
בשבוע הראשון של ספטמבר 1939 הגיעו לסובייניה יז'יורי פליטים רבים מהסביבה וממערב פולין, ובהם יהודים מגרבולין. סובייניה יז'יורי נכבשה בשבוע השלישי של ספטמבר 1939. ב-1940 הגיעו לעיירה פליטים נוספים מפילווה (Pilawa) מוורשה (Warsaw), מ פיאסצ'נו* (Piaseczno) ומגורה קלווריה (Gora Kalwaria). ב-1941 הגיע מספר היהודים בעיירה ל-2,250 בערך, ובסוף אותה שנה – לכ-3,680.
העברת היהודים לאזור מגורים נפרד החלה כבר ב-1940 ומצבם החמיר שכן רבים איבדו את מקורות פרנסתם, אם כי עד סגירת הגטו אפשרו השלטונות לתושבים הפולנים להשתמש בשירותיהם של בעלי המלאכה היהודים וגם היו מי שהסתכנו ויצאו לסחור בכפרי הסביבה. בספטמבר 1941 הקימו הגרמנים בסובייניה יז'יורי גטו בסביבת הרחובות ורשווסקה (Warszawska), גרבולינסקה (Garwolinska) וקוז'יה (Kozia) ומינו יודנרט. תפקידו היה לגייס מאות עובדי כפייה. העובדים נשלחו למחנה עבודה בכפר וילגה (Wilga) והוחלפו מדי כמה שבועות.
בחורף 1941/42 שרר בגטו רעב כבד, ורבים מתושביו מתו במגפת הטיפוס שפרצה בו. יהודים רבים נורו למוות בניסיונם לצאת מהגטו כדי לקנות מצרכי מזון. היודנרט פתח מטבח ציבורי.
בספטמבר 1942 רוכזו בגטו סובייניה יז'יורי גם יהודי הסביבה, ומספר התושבים בו הגיע לכ-8,000. אנשי ס"ס וז'נדרמים גרמנים גירשו אותם למחנה ההשמדה טרבלינקה ב-27 בספטמבר 1942. בשרפה שפרצה באזור הגטו ביום שישי, 2 באוקטובר 1942 נשרפו רוב בתי הגטו, שהיו בתי עץ, ונשרף גם בית הכנסת שהיה בנוי לבנים.