בראשית המאה העשרים התגוררו בזווניגורודקה כ-6,400 יהודים. ב-1918 נרצחו 27 מהם בפוגרום ורבים נפצעו.
בימי השלטון הסובייטי הוסיפו יהודים רבים לעסוק במלאכה, קצתם התארגנו בקואופרטיבים. יהודים מעטים עברו לעבוד לחקלאות, וסמוך לעיירה הוקם קולחוז יהודי. בזווניגורודקה פעלו מחלקה בבית המשפט ובתי ספר יהודיים שהתנהלו ביידיש. בעקבות תהליכי התיעוש והעיור בברית-המועצות עזבו יהודים רבים את העיירה בשנות העשרים והשלושים, וערב פרוץ המלחמה נותרו בה כאלפיים יהודים.
הגרמנים כבשו את זווניגורודקה ב-29 ביולי 1941. מקצת יהודי העיירה, שלא הייתה מרוחקת ממסילת ברזל, הצליחו להימלט או להתפנות מזרחה עוד לפני הכיבוש. ב-16 באוגוסט 1941 רצחו הגרמנים קבוצת יהודים בעיירה, ובמהלך ספטמבר 1941 רצחו עוד כמאה גברים יהודים.
במהלך אוקטובר רוכזו היהודים שנותרו בזווניגורודקה בגטו. לגטו הועברו גם יהודים ממקומות יישוב סמוכים. הגטו לא גודר, אך נאסר על היהודים לצאת ממנו, והם נצטוו לשאת סרט זיהוי על השרוול. יהודי ששמו לזוריק (Lazurik) מונה ל"זקן היהודים" בגטו. במקום פעלה מרפאה. ב-5 במאי 1942 נשלחה קבוצה גדולה של צעירים מהגטו למחנה עבודה בכפר נמורוז' (Nemorozh). במאי 1942 הובאו לזווניגורודקה כמה עשרות יהודים מגטו אולשנה (Olshana).
הגטו חוסל ככל הנראה ב-14 ביולי 1942, כשנרצחו מרבית תושביו, כ-1,500 בני אדם, סמוך לעיירה. השאר – צעירים ומבוגרים שרובם היו בעלי מקצוע – נשלחו למחנה העבודה בכפר נמורוז', הוחזקו שם בתנאים קשים ואולצו לעבוד במחצבות, בכריתת עצי יער ובתיקון כבישים. אסירי המחנה נורו למוות ב-2 בנובמבר 1942.
