המכון הבין-לאומי לחקר השואה

באמצע שנות השלושים של המאה העשרים חיו בווילקה כ-450 יהודים; הם היו כ-30 אחוזים מתושבי העיירה, ורוב המסחר המקומי היה בידיהם. בשנות העשרים ייסדו חוגי שמאל בית ספר עממי ביידיש ומועדון תרבות שהפעיל ספרייה וחוג דרמה. בעיירה פעלו סניפים של בית"ר ושל השומר הצעיר-נצ"ח (נוער ציוני חלוצי). בין 1940 ל-1941 הייתה וילקה נתונה לשלטון סובייטי.
לאחר פרוץ המלחמה בין גרמניה לברית-המועצות ב-22 ביוני 1941, הגיעו לווילקה כ-200 פליטים יהודים מליטא. הקהילה היהודית אירחה אותם, וקצתם מצאו מחסה בבית הכנסת. ב-2 ביולי 1941 כבשו הגרמנים גם את וילאקה, ומיד נגזרו על יהודיה גזרות מגזרות שונות: נאסר עליהם ללכת על המדרכה, הם צוו לתפור טלאי בצורת מגן דוד צהוב על הגב ועל החזה, והותר להם לצאת לרחוב רק בין ארבע לשש אחר הצהריים. יהודים רבים הוכו ואחדים אף נרצחו בידי הגרמנים. לרב המקומי צ'רננס (Chernens) גזזו את הזקן.
כעבור זמן קצר גורשו היהודים מבתיהם ורוכזו בגטו ברובע העני ביותר של העיירה. בהיעדר מקום, נאלצו רובם להתגורר בחורבות. על הגטו שמרו שוטרים מקומיים. היהודים חויבו בעבודת כפייה. עובדי כפייה יהודים נרצחו, ונשים יהודיות נאנסו וסבלו התעללות קשה מידיהם של לטווים מקומיים. מזון קיבלו רק יהודים עובדים, ושאר התושבים נידונו למוות ברעב. תושבים לא-יהודים שניסו להבריח מזון אל הגטו הוכו ונכלאו.
ב-11 באוגוסט 1941 בשעות הלילה נלקחו כל הגברים היהודים אל תחנת מכבי האש, והנשים הועברו לבית הכנסת. מהיהודים נלקחו כל דברי הערך. לפנות בוקר נלקחה קבוצה ראשונה של גברים למרחק של שני קילומטרים מהעיר; כמה יהודים הוכרחו לחפור שם בורות, ואחר כך נורו הגברים בקבוצות של שמונה עד עשרה איש. היורים היו אנשי יחידת השוטרים הליטאית זונדרקומנדו (קומנדו) אראיס, והם נעזרו בשוטרים מקומיים. המפקדים הגרמנים שנכחו ברצח הנציחו אותו בצילום. אחרי הגברים נרצחו שאר היהודים, ובסך הכל נרצחו כ-650 יהודים, ובהם 145 ילדים. בנרצחים היו גם פליטים מליטא.
ערב נסיגתם שרפו הגרמנים את גוויות קרבנותיהם.