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Bien que le ghetto, gouverné par la SS, soit en pratique un camp de transit pour les Juifs avant leur départ pour les camps d'extermination, il est également présenté à des fins de propagande comme une « implantation juive modèle ».
La vie dans l’enceinte du ghetto de Theresienstadt est administrée par le « Ältestenrat » (Judenrat), dirigé par Jacob Edelstein. Malgré la surpopulation, la pénurie alimentaire et les travaux forcés, l'importance des activités culturelles et éducatives à l'intérieur du ghetto reflète le désir de vivre des prisonniers et leur besoin de se divertir face à l'épreuve.
Fin 1943, lorsque les premiers rapports sur les camps d’extermination font surface, les nazis décident de présenter Theresienstadt à une commission d'enquête de la Croix-Rouge internationale. Dans le cadre des préparatifs de la visite de la commission, ils procèdent à un plus grand nombre de déportations vers Auschwitz, afin de réduire la surpopulation du ghetto. Des boutiques factices, un café, une banque, une école, des jardins d'enfants et autres sont ouverts et des jardins fleuris sont aménagés dans l'ensemble du ghetto. La commission de la Croix-Rouge vient visiter le ghetto le 23 juin 1944. Les rencontres avec les détenus ont été méticuleusement planifiées. A l'issue de la visite, les nazis produisent un film de propagande au sujet de la nouvelle vie des Juifs placés sous la protection du Troisième Reich. Une fois le film achevé, la plupart des acteurs, ainsi que la quasi-totalité des dirigeants indépendants et la grande majorité des enfants du ghetto sont envoyés dans les chambres à gaz d'Auschwitz-Birkenau.
La surpopulation, la malnutrition et les conditions sanitaires épouvantables entraînent la prolifération de maladies au sein de la population du ghetto. En 1942, 15 891 personnes, soit la moitié de la population du ghetto, meurent à Theresienstadt. Plus de 155 000 Juifs passeront par Theresienstadt avant sa libération le 8 mai 1945. Au total, 35 440 personnes périrent dans le ghetto et 88 000 de ses habitants furent déportés et assassinés.