En 1937 viajó a la tierra de Israel (Palestina), pero los británicos no le permitieron desembarcar. En ese viaje llegó a la conclusión de que la creación de un Estado Judío no respondía a los intereses alemanes. Después del Anschluss, la anexión de Austria por parte de Alemania en marzo de 1938, Adolf Eichmann fue encargado de organizar la emigración de los judíos austríacos, y diseñó una táctica que no les dejaba otra alternativa: confiscó sus bienes, destrozando así su situación económica, y los aterrorizó para forzarlos a huir. Además, se apoderó del control de las instituciones comunitarias judías y obligó a sus dirigentes a cooperar con los planes de emigración. Llevado por ese mismo objetivo, modificó su postura anterior y comenzó a cooperar con las agencias de Aliá Bet (emigración judía ilegal a la tierra de Israel). Con el fin de lograr una mayor eficiencia, estableció en Viena, la Oficina Central para la Emigración Judía (Zentralstelle für jüdische Auswanderung) en agosto de 1938. Pocos meses después, tras el pogrom de noviembre de 1938 (Kristallnacht, Noche de los Cristales Rotos), Hermann Göring creó una oficina similar en Alemania. Adolf Eichmann también estableció una Zentralstelle en Praga en 1939.
Al crearse la Oficina Central de Seguridad del Reich (Reichssicherheitshauptamt, RSHA) en septiembre de 1939, Adolf Eichmann se puso al frente de la sección judía de la Gestapo, disponiendo de un poder mayor que el de cualquier otro jefe de sección: trabajaba bajo las órdenes de Reinhard Heydrich, y, en ocasiones, bajo órdenes directas de Heinrich Himmler.
En 1939 y 1940 supervisó la deportación de polacos y judíos de las zonas de Polonia anexadas por el Reich. Una de las primeras ideas que puso en práctica fue el Plan de Nisko y Lublín, que preveía la deportación masiva y el reasentamiento de judíos en el Gobierno General (Generalgouvernement). A pesar de que el plan fracasó rápidamente, se convirtió en el prototipo de las deportaciones masivas de judíos durante el resto de la guerra.
Para fines de 1940, la oficina de Adolf Eichmann controlaba a todos los judíos dentro del Reich. Adolf Eichmann envió a sus representantes Alois Brunner, Theodor Dannecker, Dieter Wisliceny y a su lugarteniente Rolf Günther para que asesorasen a diversos gobiernos en asuntos judíos. Su tarea era la de promover la aplicación de políticas antijudías. Sus representantes estuvieron activos en toda Europa bajo dominación nazi, excepto en Escandinavia y en las zonas donde operaban los Einsatzgruppen.
En octubre de 1941 Adolf Eichmann participó en las conversaciones iniciales sobre la «Solución Final». Bajo las órdenes de Heydrich, organizó la Conferencia de Wannsee para coordinar el exterminio de todos los judíos de Europa. La conferencia tuvo lugar en Berlín en enero de 1942. Una vez aprobado el proyecto, la oficina de Adolf Eichmann emitió las órdenes respecto a cuándo y dónde debían producirse las deportaciones. Él y sus colaboradores también diseñaron el sistema para detener a los judíos y confiscar sus bienes. Adolf Eichmann efectuó numerosas visitas personales a los campos de exterminio para supervisar su eficiencia y sus avances, y fue responsable directo del gueto de Theresienstadt.
Adolf Eichmann dirigió personalmente las deportaciones de 1944 en Hungría, dónde, al igual que en otros países, se encontró con muchos intentos de salvar judíos de forma organizada. En algunos casos frustró dichos intentos de salvar judíos, como en Rumanía y Bulgaria. En Hungría, en cambio, intentó cerrar un acuerdo para intercambiar vidas judías por mercancías o dinero.
Después de la guerra, Adolf Eichmann escapó a Argentina. Vivió allí sin ser detectado hasta mayo de 1960, cuando fue capturado por el Servicio de Inteligencia israelí (Mosad). Fue juzgado en Jerusalén en abril de 1961, hallado culpable y condenado a muerte. Adolf Eichmann fue ahorcado el 1 de junio de 1962.
Zadoff, Efraim (Ed.), SHOA - Enciclopedia del Holocausto, Yad Vashem y E.D.Z. Nativ Ediciones, Jerusalén 2004. Basado en: Rozett, Robert & Shmuel Spector (Ed.), Encyclopedia of the Holocaust, Yad Vashem and Facts On File, Inc., Jerusalem Publishing House Ltd, 2000