El 15 de noviembre de comenzó la «redada de los niños». Efectivos de las SS y ucranianos cercaron el gueto, capturaron a 574 niños y más de 200 adultos, en su mayoría ancianos. Estos últimos fueron fusilados en un bosque cerca de la frontera alemana y los niños fueron deportados a Auschwitz-Birkenau para ser asesinados. Durante la redada explicaron a los padres que los niños estaban siendo trasladados a hogares infantiles en Alemania. Dado que muchos de los padres no creyeron la explicación oficial, dos miembros del comité judío, Bar Katon y Aaron Katz, acompañaron a los niños para verificar su destino. Una aktion similar fue ejecutada en los campos de trabajo y decenas de niños, mujeres y ancianos fueron deportados para ser asesinados. En Šiauliai quedaron 227 niños menores de 12 años y algunas decenas en los campos de trabajo: aquellos que fueron escondidos por sus padres.
En la primavera de 1944, a medida que se aproximaba el frente soviético, comenzaron los preparativos para la liquidación del gueto. A principios de julio todos los judíos que sobrevivían en los campos de trabajo fueron devueltos a Šiauliai y cesó todo trabajo que se realizaba fuera de la ciudad. Los permisos de salida fueron cancelados. El comandante de las SS anunció que todo aquel que fuera capturado tratando de escapar sería ejecutado junto con toda su familia. Durante un bombardeo soviético en la ciudad, murieron algunos de los residentes del gueto, entre ellos Mendel Leibowitz, el expresidente del consejo judío.
A mediados de julio de 1944, los últimos judíos del gueto de Šiauliai fueron deportados en tren al campo de concentración de Stutthof, a campos de trabajo situados en Polonia y a campos de concentración en las cercanías de Dachau en Alemania. Un grupo fue deportado a un campo de concentración en Riga. Decenas de residentes del gueto consiguieron escapar del gueto o de los campos de trabajo, antes o durante la deportación, ocultándose o uniéndose a los partisanos. De los 3.000 judíos de Šiauliai trasladados a campos de trabajo, sólo 500 sobrevivieron y fueron liberados. Cierto número había logrado escapar a la Unión Soviética antes del comienzo de la ocupación alemana. Los que estaban en edad militar fueron reclutados para la División Lituana del Ejército Rojo (16ª División). Durante los bombardeos que precedieron a la liberación de Šiauliai los restos del gueto fueron quemados.
Después de la liberación de Šiauliai por el Ejército Rojo, el 27 de julio de 1944, decenas de sobrevivientes judíos regresaron a la ciudad, junto con otros judíos que habían escapado a la Unión Soviética.
En la década de los 1970 vivían en Šiauliai alrededor de 800 judíos. La mayoría hablaban ídish y constituían menos del 1% de la población. En 1994 quedaban solamente 470 judíos.
En 1991 fue erigido en Holón, Israel, un monumento en memoria de los judíos que perecieron en Šiauliai durante el Holocausto. En Lituania fue erigido un monumento en el lugar de la puerta de entrada al barrio de Traku, del antiguo gueto.
