Aunque Hungría aún no había sido ocupada por los alemanes, los judíos sufrían las leyes antijudías húngaras. Los húngaros expulsaron a los judíos de sus lugares de trabajo, robaron sus posesiones y perjudicaron las actividades de las instituciones judías. La comunidad judía de Győr no fue inmune a las penurias de la Segunda Guerra Mundial. En 1942, la mayoría de los hombres judíos de la ciudad fueron reclutados para realizar trabajos forzados en el marco de los «batallones de trabajo» del Ejército húngaro. Hungría era aliada de la Alemania nazi y su ejército luchaba junto a Alemania. La mayoría de los judíos de Győr reclutados para los «batallones de trabajo» fueron enviados al Frente Oriental, en Ucrania, donde muchos perdieron la vida.
El 19 de marzo de 1944, la Alemania nazi ocupó Hungría, incluida Győr. En abril, los ocupantes nazis hicieron un censo y descubrieron que la mayoría de los judíos de la ciudad, unos 4.000, pertenecían a la comunidad neóloga y el resto a la ortodoxa.
Los alemanes desmantelaron los esfuerzos de defensa de los judíos y ordenaron a los judíos de Győr que establecieran un consejo judío alternativo, que representara a varias comunidades judías de la región. El comerciante de madera Janos Biringer, que participaba activamente en la comunidad neolog, fue nombrado presidente del consejo judío regional. El Dr. Gyula Unger, último presidente de la comunidad neóloga de Győr, fue nombrado presidente del consejo judío local.
El 10 de mayo de 1944, menos de dos meses después de la ocupación alemana, el alcalde de Győr, Jeno Koller, ordenó a los judíos de la ciudad que se trasladaran a las casas designadas en el gueto en dos lugares: en el centro de la ciudad y en la cercana isla de Győrsziget, que pertenecía al municipio de la ciudad. El traslado debía producirse entre el 15 y el 17 de mayo. El ministro del Interior húngaro, Andor Jaross, se opuso al establecimiento del gueto en el centro de la ciudad, por lo que todos los judíos fueron obligados a trasladarse al gueto de Győrsziget antes del 31 de mayo de 1944. El gueto estaba tan superpoblado que los judíos tuvieron que dejar sus posesiones fuera de sus apartamentos en el gueto.
Los judíos eran deportados a Győr desde toda la región de Győr-Moson. A principios de junio de 1944, una vez finalizada la deportación, miles de personas vivían en el gueto de Győrsziget en un hacinamiento tan terrible que había una media de 30 personas en cada habitación. El obispo de Győr, Vilmos Apor, protestó ante el ministro del Interior por el hacinamiento en el gueto, así como por el hecho de que los judíos que se habían convertido al cristianismo también estuvieran incluidos entre sus internos, pero su protesta cayó en saco roto.
