בינואר 1941, במיפקד האוכלוסין הארצי האחרון שנעשה בהונגריה לפני הכיבוש הגרמני, נמנו בקפושוור 2,346 יהודים ושיעורם בכלל אוכלוסייתה היה כשבעה אחוזים. רובם היו סוחרים ובעלי מלאכה, אך היו בהם גם כמה בעלי בתי חרושת, בעלי אדמות ובנקאים. היהודים מילאו תפקיד חשוב בחיים התרבותיים והפוליטיים של העיר. הקהילה היהודית השתייכה לזרם הנֵאולוגי. עם מוסדות הקהילה נמנו אגודות דתיות וחברתיות, בית ספר יסודי ותלמוד תורה, וגם מועדון צופים וספורט לנוער.
בתקופת "הטרור הלבן" שאחרי מלחמת העולם הראשונה פשטו על העיר חברי יחידות צבאיות למחצה משיופוק (Siofok) הסמוכה ורצחו שני יהודים. הם תפסו כשישים יהודים ועינו אותם במשך חודשיים, והותירו רבים מהם נכים לצמיתות. כמה מיהודי העיר המירו את דתם לנצרות כדי להימלט מן הרדיפות. בקיץ 1940 גויסו כ-800 גברים יהודים בני 60-21 לשירות עבודת כפייה במסגרת צבא הונגריה. בספטמבר 1940 שוחררו בני ה-42 ומעלה והיתר שוחררו לבתיהם בדצמבר 1940, אך ב-1941 שוב גויסו כ-500 מיהודי קפושוור לשירות עבודת כפייה, והפעם הוצבו באוקראינה.
הצבא הגרמני כבש את הונגריה ב-19 במרס 1944. על-פי מיפקד שנערך בשבוע השני של אפריל 1944, מנתה הקהילה הנֵאולוגית של קפושוור כ-2,400 נפשות.
המנגנון המינהלי ההונגרי נותר על כנו גם לאחר הכיבוש, והיהודים רוכזו בגטאות וגורשו על-פי צווים ותקנות של רשויות השלטון ההונגרי, המרכזי והמקומי. בראשית מאי 1944 הורה סגן הממונה על מחוז שומוג', ד"ר פל שטפייך (Pal Stephaich), להקים גטאות במחוזו. ב-4 במאי 1944 הוקמה בקפושוור מועצה יהודית מרכזית והוטל עליה לפקח על יהודי העיר ועל יהודי מחוז שומוג'. אחד משני הנשיאים של המועצה היה הרוקח ינו מיטלמן (Jeno Mittelman), ששימש נשיאה האחרון של הקהילה היהודית. הנשיא השני היה הסיטונאי אודון אנטל (Odon Antl). ב-8 במאי 1944 ביקשה מועצת היהודים משטפייך שהשלטונות יימנעו מהקמת גטו בקפושוור, מפני שיהודי מחוז שומוג', ובמיוחד יהודי קפושוור, נודעו בפטריוטיות שלהם ובנאמנותם להונגריה. המועצה אף הציעה לפנות את הדירות שיועדו להימסר לאחרים ולדאוג לדיירים המפונים מהן לדיור חלופי, הכל על חשבון הקהילה, בלי להעביר את כל האוכלוסייה היהודית לגטו. בקשתה לא נענתה. ב-12 במאי 1944 הורה ראש העיר ליהודים לעקור לגטו שהוקם בסביבת בית הכנסת, ועד 22 במאי 1944 עברו יהודי קפושוור לגטו. כעבור זמן מה הובאו לגטו גם יהודים מנפת איגל (Igal), מנפת קפושוור ומנפת נג'אטד (Nagyatad); מספר הנפשות בגטו קפושוור הגיע לכ-4,000, ובכל חדר שכנו, בממוצע, שתי משפחות. על הסדר בגטו שמר שירות סדר יהודי של 60 איש חמושים באלות, ובגטו פעל גם בית משפט יהודי. ז'נדרמים הונגרים חקרו את תושבי הגטו בעינויים כדי לגלות היכן הסתירו חפצי ערך.
בסוף יוני 1944 הועברו תושבי הגטו לקסרקטינים של חיל התותחנים בקפושוור ושוכנו באורוות הסוסים. בימים שלאחר מכן הובאו לקסרקטינים אלו יהודים רבים מהגטאות של דומבובר (Dombovar), פינצהי (Pincehely), טמשי (Tamasi) וטב (Tab). הצפיפות במקום הייתה בלתי נסבלת. אנשים שמזונם אזל גוועו ברעב. שלושה מ-24 חולים יהודים שהיו מאושפזים בבית החולים בקפושוור שלחו יד בנפשם, והיתר, ובהם חולי הנפש, נלקחו לקסרקטינים ב-4 ביולי 1944.
בשני טרנספורטים שיצאו מקסרקטיני חיל התותחנים בקפושוור ב-4 וב-5 ביולי 1944 גורשו לאושוויץ 5,159 יהודים.
