בין שתי מלחמות העולם ישבו בשרקובשצ'יזנה כ-800 יהודים ועסקו בעיקר במסחר זעיר ובחקלאות. בעיירה פעלו מפלגות ותנועות נוער ציוניות והבונד, והיו בה בית ספר בשפה היידיש, בית ספר של רשת "תרבות", בתי מדרש, ספרייה וחוגים. בעקבות הכיבוש בידי הסובייטים ב-18 בספטמבר 1939 הולאמה הפעילות הכלכלית בעיירה ובוטלו המפלגות היהודיות.
עם כיבוש שרקובשצ'יזנה בידי הגרמנים ב-30 ביוני 1941 החל גזל רכושם של היהודים, הוטל עליהם לשאת טלאי צהוב, תנועותיהם הוגבלו, והם גויסו לעבודות כפייה משפילות. בפקודת הגרמנים הוקם יודנרט, והועמד בראשו הירש ברכן (Brekhan). בקיץ 1941 רצחו הגרמנים 11 צעירים יהודים מהעיירה שמילאו תפקידים בממשל הסובייטי.
באוקטובר 1941 רוכזו יהודי שרקובשצ'יזנה בגטו שהוקם בשני אתרים נפרדים בעיירה. שני חלקי הגטו גודרו בתיל דוקרני והותקנו בהם שערים. בגטו על שני חלקיו רוכזו גם יהודים מעיירות אחרות, ומספר התושבים בו הגיע לכ-1,900. רעב ומחלות גרמו עד מהרה תמותה גבוהה, בייחוד אחרי שבאביב 1942 הורו הגרמנים ליודנרט לחלק לחם לעובדים בלבד.
ב-17 ביולי 1942 הורה קצין ס"ס גרמני לראש היודנרט לאסוף מתושבי הגטו דמי כופר וחפצי ערך. ברכן חשד שמדובר בהכנות לרצח היהודים והזהיר את תושבי הגטו; הוא דחק בהם להתכונן לבריחה, ואף הציב שומרים בנקודות תצפית בגטו. למחרת, כשהתקרבו הגרמנים ועוזריהם אל השערים, הציתו צעירים את שני חלקי הגטו, אך גשם שירד מנע את התפשטות האש. במהומה שנוצרה פרצו כ-700 יהודים את הגדרות וכמה מאות מהם הצליחו להימלט. כ-1,200 יהודים שנשארו בגטו נרצחו מחוץ לעיירה בידי הגרמנים ועוזריהם. מקצת הנמלטים הסתתרו ביערות, ואחרים, שלא מצאו מסתור, הגיעו לגטו חדש לעובדים שהקימו הגרמנים בגלמבוקיה ונרצחו עם חיסולו באוגוסט 1943.
