וילנה בתקופת השואה
סופו של הגטו
יצחק ויטנברג, המפקד הראשון של ה-פ.פ.או (ארגון הפרטיזנים המאוחד) בווילנה
חברי מטה ה-פ.פ.או., בכיוון השעון מלמטה מימין: יוסף גלזמן (בית"ר), אברשה חובויניק (בונד), ניסן רזניק (הנוער הציוני), יצחק ויטנברג (קומוניסטים) ואבא קובנר (השומר הצעיר). במרכז התצלום – הבניין בגטו בו שכנה מפקדת ה-פ.פ.או
יחיאל (איליה) שיינבוים, מפקד "קבוצת המאבק של יחיאל" – אחת המחתרות בגטו וילנה. נהרג בקרב עם הגרמנים ב-1 בספטמבר 1943 בגטו וילנה
באביב 1943 גברה הפעילות הפרטיזנית בליטא. לאחר המרד בגטו ורשה באפריל 1943 החלו הגרמנים להיות מודעים לאפשרות של התנגדות יהודית בגטאות. ב-21 ביוני 1943 הועבר השלטון על הגטאות בליטא מהמִנהל האזרחי הגרמני לאס-אס.
במרס 1943, תוך כדי חלוקת "שיינים" חדשים, פשטו בגטו שמועות על חיסולם הצפוי של מחנות העבודה והגטאות הקטנים באזור וילנה - שוויינציאן, מיכיילישוק, סול ואושמיאנה - עליהם היה מופקד גנס. במקביל בוצעה אקציה גדולה בגטו גרודנו. הגרמנים הבטיחו לגנס שיהודי הגטאות הקטנים יועברו לווילנה וקובנה. גנס וקבוצת שוטרים מהגטו יצאו לארגן את ההעברה. כ-3,000 איש נשלחו מהגטאות הקטנים לגטו וילנה ולמחנות עבודה, אך כ-3,800 איש נשלחו לפונאר ברכבות, שם נרצחו. הידיעה על הרצח התפשטה בגטו והביאה לחרדה וייאוש. בתי הכנסת התמלאו מתפללים ובקרב החוגים הדתיים הוכרז על "יום כיפור קטן".
מסוף יוני עד תחילת יולי 1943 חיסלה משטרת הבטחון של וילנה בפיקוד ברונו קיטל (Kittel) את מחנות העבודה באזור וילנה - ביאלה ואקה (Biala Waka), קינה (Kene), בזדאני (Bezdany) ונובה ויאלקה (Nowa Wilejka) - בשל קשרי העצירים עם פרטיזנים ובשל מקרי בריחה. גנס טען שהגרמנים זקוקים לגטו עובד ויעיל ושהעבודה עבור הגרמנים היא האפשרות היחידה להינצל, אך התחזקה התחושה שסופו של הגטו קרב.
ב-21 ביוני 1943 הוציא ראש האס-אס הימלר הוראה לחיסול הגטאות באוסטלאנד ושילוח היהודים למחנות ריכוז.
ב-6 באוגוסט נחטפו יהודים שעבדו מחוץ לגטו. רבים מהם התנגדו, אך כ-1,000 מהם נשלחו ברכבות לאסטוניה. גנס הבטיח לציבור כי האנשים מובלים לעבודה באסטוניה ולא להשמדה. ב-24 באוגוסט יצא המשלוח השני לאסטוניה, בו היו 1,400-1,500 גברים, נשים וילדים.
ב-1 בספטמבר לפנות בוקר הוקף הגטו על ידי כוחות בטחון גרמנים ואסטוניים והיציאה לעבודה נאסרה. חיילים אסטוניים החלו לעצור גברים ולהוציאם מחוץ לגטו. הגרמנים דרשו 3,000 גברים ו-2,000 נשים למשלוח לאסטוניה. אנשים התחילו להסתתר ב"מאלינות". מטה ה-פ. פ. או. הוציא פקודת גיוס לכל חברי הארגון. כ-100 מאנשי המחתרת שהתרכזו בקרבת מחסני הנשק של הארגון הוקפו על ידי גרמנים ואסטוניים לפני שהצליחו להצטייד בנשק, והוצאו מהגטו. כמה מהם הצליחו לברוח ולהישאר בגטו. מטה ה-פ. פ. או. ריכז את הכח שנותר ברחוב סטראשון. ה-פ. פ. או. הפיץ כרוז בו קרא ליהודים למרוד, אך תושבי הגטו לא נענו. יחיאל שיינבוים, מפקד הכח ברחוב סטראשון, פתח ביריות על הגרמנים ונהרג בחילופי האש. גנס ביקש למנוע קרב וסיכם עם משטרת הבטחון שמִנהל הגטו יספק את מכסת האנשים בלא כניסה של גרמנים לגטו.
האקציה נמשכה עד 4 בספטמבר 1943. אחריה זנח ה-פ. פ. או. את רעיון המרד בגטו והחל בהוצאת חבריו ליערות רודניקי (Rudniki) ונארוץ' (Narocz). ב-14 בספטמבר נרצח גנס בחצר מטה הגסטאפו בווילנה. ב-23-24 בספטמבר חוסל גטו וילנה. יותר מ-4,000 ילדים, נשים וזקנים נשלחו למחנות ההשמדה בפולין, שם נרצחו. מאות זקנים וחולים נלקחו לפונאר ונרצחו. כ-3,700 גברים ונשים נשלחו למחנות ריכוז באסטוניה ובלטביה. בווילנה נשארו כ-2,500 יהודים במחנות העבודה "קייליס" ו-ה.ק.פ. תחת ניהולו של קצין הוורמאכט קארל פלגה, וכן בבית החולים הצבאי ובבתי המלאכה של משטרת הביטחון. יותר מ-1,000 איש התחבאו ב"מאלינות" בשטח הגטו ובחודשים שאחרי חיסול הגטו נתפסו רובם. מאות אנשי מחתרת יצאו ליערות. ב-23 בספטמבר יצאה מהגטו הקבוצה האחרונה של אנשי ה-פ. פ. או. ובה 80-100 לוחמים בראשות אבא קובנר. ביערות הקימו אנשי הארגון כמה גדודי פרטיזנים. הם השתתפו עם הצבא האדום בקרבות לשחרור וילנה ביולי 1944.