"כאן יסופרו תולדותיהן..."

ב-1 בספטמבר 1941 נסגרו שני חלקיו של גטו שאוולי וגודרו, ובשערים הוצבו שומרים ליטאים. הכניסה והיציאה התאפשרו רק לבעלי רשיונות מיוחדים. אחת הבעיות הקשות בגטו הייתה הצפיפות: כ-5,500 יהודים, תושבי העיר ופליטים שהגיעו בסתיו 1941 לאחר שניצלו מהרציחות ההמוניות בעיירות הסמוכות, הצטופפו בשטח של כ-8,000 מטרים רבועים, ושטח זה צומצם שוב ושוב עם הזמן. באופן רשמי הותר להכניס לגטו רק בגדים מעטים, ריהוט, כלי מטבח, מצרכי מזון ו-200 מרק, אבל יהודים רבים הצליחו להכניס לגטו את אותו חלק מרכושם ששרד ממעשי השוד של הליטאים.

את חיי התושבים בגטו ארגנה הנציגות היהודית. נציגות זו לא נבחרה אלא הורכבה מחברים שראו את עצמם מתאימים לתפקיד והתנדבו לשרת בה. הרכב הנציגות קיבל את אישור הממונה על הגטו מטעם העירייה. הנציגות כללה מחלקות לטיפול באספקה, בדיור, בעזרה סוציאלית ועוד. כמו כן היו בגטו בית חולים, בית דין ושירות סדר יהודי. יושב ראש הנציגות היה מנדל לייבוביץ, צעיר משכיל ואמיד שהיה יושב ראש אגודת החיילים היהודיים שהשתתפו במלחמת העצמאות של ליטא ועמד בקשרים טובים עם מספר ליטאים. המזכיר היה אהרן כץ ואחריו אליעזר ירושלמי. ירושלמי, מורה בגימנסיה העברית, ניהל את יומן הגטו שהשתמר ויצא לאור בישראל ("פנקס שאוולי"). יומן זה מספק פרטים רבים על תולדות גטו שאוולי.

בשבועיים הראשונים לאחר סגירת הגטו נלקחו ממנו ונרצחו 47 ילדי בית היתומים עם מורם אברהם כץ ועם מנהלת המשק ז'ניה קרפל, 130 זקנים וחולים וכ-30 אנשי אינטליגנציה יהודים. כמו כן, בסלקציה על-פי "כושר עבודה" נמצאו 90 איש בלתי כשירים לעבודה, גורשו לז'גר (Zagare) הסמוכה ונרצחו שם. הנציגות הצליחה להשיג 500 טפסים ריקים של תעודות עבודה וחילקה אותם בין היהודים. בעזרת טפסים אלה ניצלו מרצח יהודים ששהו בגטו וכן פליטים, בהם 130 יהודים שניצלו מהטבח ברדווילישוק. רק בסוף ספטמבר נפסקו הרציחות המאורגנות (ה"אקציות").

מאות יהודים הועסקו במפעלים מחוץ לגטו. חלק מעובדים אלה ניצלו את האפשרויות לקיים קשר עם העולם החיצון, בין היתר עם שליחים מגטאות קובנה, וילנה, ריגה ודווינסק. יהודים אחרים עבדו בגטו עצמו ובחלקי העיר שמחוץ לגטו, בבתי המלאכה שהקימה הנציגות. רבים מהם התקיימו ממכירת רכוש לליטאים שעמם עבדו, מחוץ לגטו. הכנסותיהם שימשו גם לצרכי הגטו. עוד 750 יהודים עבדו בכפרים סמוכים באישור השלטונות עד שנרצחו בדצמבר 1941. במאי 1942 הוצאה קבוצה של מאות יהודים מהגטו למחנות רדווילישוק (Radviliskis), בצ'יוניי (Baciunai) ורקיווה (Rakyva). ב-1943 הועברה קבוצת יהודים למחנה לינקאיץ' (Linkaiciai).

בפברואר 1942 הוקם ב"גטו קווקז" בית חולים ובו 40 מיטות, בזכות פעילותה של הנציגות ובעזרת כספי היהודים שעבדו בבתי המלאכה בגטו ומחוץ לו. את בית החולים ניהל ד"ר וולף פסחוביץ'. השלטונות הגרמניים דרשו מד"ר פסחוביץ' ומרופא יהודי נוסף לשרת גם אותם. כמו כן פעלו בשני חלקי הגטו מרפאות. באוגוסט 1942 נכנסה לתוקף גזרה שפורסמה בפברואר בדבר עונש מוות על לידות בגטו. נשים הרות נאלצו להפיל את עובריהן והרופאים נאלצו לבצע מאות הפסקות הריון ואף להמית תינוקות בזריקות.

בגטו התקיימה פעילות תרבות, צוינו חגים וימי זיכרון ואורגנו חוגים. במחתרת פעלו שני בתי ספר ששוכנו בבתי תפילה, תנועות הנוער "החלוץ" ובית"ר, הקומוניסטים ועוד. תנועות הנוער הוציאו לאור פרסומים מחתרתיים בעברית כגון "ממעמקים". באוגוסט 1942 הוקם בגטו הארגון החינוכי "מסדה" – מסגרת בלתי מפלגתית של כ-120 בני נוער מחוגים ציוניים. הארגון אסף נשק וקיים אימונים צבאיים. בפברואר 1943 דנו חברי הארגון עם הנציגות בתכניות בריחה אל הפרטיזנים ובהתגוננות בגטו לפני נסיגת הגרמנים, אך התכניות לא יצאו לפועל.