"כאן יסופרו תולדותיהן..."

בשנת 1939 עדיין ישבו ברגנסבורג 225 יהודים. 76 מהם עזבו את העיר עד קיץ 1942. כמחציתם היגרו לארצות הברית, לארץ ישראל ולבריטניה. היתר עזבו למגוון יעדים, בעיקר באירופה ובדרום אמריקה. הנשארים אולצו להתגורר בשני בניינים ברגנסבורג שהיו מיועדים ליהודים בלבד  בהם מושב הזקנים, שם נותרו עד סמוך לתחילת הגירושים למזרח.

באוקטובר 1941 עדיין פעלה ברגנסבורג כיתה של בית הספר העממי היהודי, ובה 12 תלמידים. ב-2 באפריל 1942 הועברו 103 יהודים מרגנסבורג למינכן ולמחרת גורשו משם לפולין והגיעו לפיאסקי שבמחוז לובלין. דיין הקהילה, יעקב יוסף לבקוביץ, היה בין המגורשים ונספה בשואה. ביולי 1942 גורשו שמונה יהודים נוספים מרגנסבורג לגטו טרזיינשטט, ובספטמבר 1942 גורשו 117 יהודים נוספים בני העיר, כמעט כולם קשישים, וגורשו לגטו טרזיינשטט. אחד מהם נפטר עוד לפני שהוכנס לרכבת הגירוש.

באמצע מרס 1944 נפתח במלון "קולוסאום" (Coloseum) ברגנסבורג מחנה עבודה, שלוחה של מחנה הריכוז פלוסנבירג (Flossenbürg), ונכלאו בו 400 עובדי כפייה. ביניהם היו כ-150 יהודים שגורשו לשם ממדינות שונות באירופה, רובם מפולין. מחנה זה נסגר ב-22 באפריל 1945 ואסיריו פונו למחנה הריכוז לאנדסהוט (Landshut).

ב-14 בפברואר 1945 גורשו 14 היהודים האחרונים מרגנסבורג לגטו טרזיינשטט. היו אלה יהודים שהגיעו לרגנסבורג רק משנת 1939 ואילך, ולא נכללו ברשימת יהודי העיר שהוכנה בשנה זו. מחציתם הגיעו מבוואריה התחתית ומפפאלץ העלית סמוך לתאריך גירושם. יהודים אלה היו מוגנים עד אז מפני גירוש, עקב היותם נשואים בנישואי תערובת, לנוצרים.