"כאן יסופרו תולדותיהן..."

בראשית המאה ה-11 נוסדה בעיר קהילה יהודית – הקהילה היהודית הראשונה עליה ידוע בכל גרמניה - ולה רב. רגנסבורג היתה מרכז תורני ולימודי חשוב. התגוררו בה ר' יהודה החסיד בן שמואל, דמות מפתח בחסידות אשכנז, וכן פייטנים שפיוטיהם, סליחותיהם וקינותיהם על הרציחות במסעי הצלב היו נהוגים בסידור התפילות האשכנזי דורות רבים. במקביל להתפתחותה הכלכלית של הקהילה היו תקופות בהן נפגעה הקהילה על רקע דתי. בתקופת מסע הצלב הראשון הוטבלו חלק מיהודי רגנסבורג בכוח בנהר הדנובה והיתר נרצחו על ידי הצלבנים.

במאה ה-12 קיבלו יהודי העיר זכות לסחור וכן זכויות בתחום השיפוט הפנימי. בין לקוחותיהם היו אצולת העיר, מועצת העיר וכמרים בעיר ובסביבתה. הקהילה הקימה בית קברות והחזיקה בית חולים ובית כנסת. מועצת היהודים ייצגה את הקהילה בפני השלטונות ושילמה דמי חסות למלך, להגמון, לדוכסים בוואריים ולמועצת העיר. כך ניצלו היהודים ממעשי טבח רבים שארעו בתקופה זו.

מאמצע המאה ה-13 הורע מצבם של יהודי רגנסבורג עקב רדיפות על רקע דתי. על הסוחרים ובעלי המלאכה היהודיים הוטלו הגבלות, והיה עליהם לעבור לעיסוק בהלוואות בריבית ובמשכון. במאה ה-15 חויבו יהודי העיר לענוד אות קלון על בגדם, תנועתם הוגבלה, הם לא הורשו לקבל ערבות מנוצרים ונאסר על יהודים נוספים להתיישב בעיר.

במאה ה-15 ניסו נזירים להמיר את יהודי העיר לנצרות ואחרים דרשו לגרשם. בית הדין של היהודים בוטל ובסוף המאה נכלאו היהודים ברובע היהודי עד ששילמו מס. בעקבות עלילת דם נכלאו נכבדי הקהילה וראשיה ועונו עד שמסרו הודאות כוזבות. השלטונות המקומיים וכן סוחרים ובעלי מלאכה נוצרים הגבילו את פעילותם הכלכלית ותנועתם של יהודי רגנסבורג ואף פעלו לגירוש היהודים מהעיר אך הקיסר מקסימיליאן הראשון מנע זאת. עם מות הקיסר ב-1519 גורשו מהעיר 500 יהודיה וכן 80 תלמידי ישיבה. יהודים שניסו להיכנס לעיר לאחר הגירוש, נכלאו. בית הכנסת נהרס, במקומו הוקמה כנסיה ובמצבות בית העלמין השתמשו נוצרים לבנין בתים, ריצוף רחובות וקישוט מוסדות דת. בית הקהילה השתמר עד 1857.

במחצית השנייה של המאה ה-17 הורשו יהודים לשוב ולהתיישב ברגנסבורג אך נאסר עליהם לעסוק במסחר ובמלאכה, להלין בבתיהם יהודים זרים, לצאת מבתיהם בחגים נוצריים ולהקים בית כנסת. הם הוכרחו לענוד את אות הקלון הצהוב, Judenzeichen, וחוק מראשית המאה ה-18 קבע שעליהם לנהוג בשקט ובצנעה כדי לא להרגיז את הנוצרים.