"כאן יסופרו תולדותיהן..."

לאחר האקציה ההמונית של 6 באוקטובר 1941, בה נרצחו יותר משליש מיהודי העיר, עשו היהודים מאמצים להשיג רישיונות עבודה במקומות חיוניים למשק הגרמני. כ-600 יהודים עבדו מדי יום במנסרה. במקביל נחטפו צעירים יהודים למחנות עבודה באזור.

באפריל 1942 נמנו בנדבורנה כ-3,600 יהודים. בתקופה זו החלו הכנות להקמת גטו בנדבורנה. היהודים נדרשו לספק קרשים וחוטי תיל כדי להקים גדר סביב השטח שהוקצה לגטו. ב-30 באפריל 1942 נסגרו היהודים בשני גטאות מגודרים. לגטו א' הועברו הכשירים לעבודה ואלה שעבדו במפעלים חיוניים. מעטים מהם הצליחו ליצור קשר עם איכרים בכפרי הסביבה וכך להבריח מעט מזון לגטו. בגטו ב' שוכנו יהודים בלתי כשירים לעבודה. עד מהרה פשטו בו רעב ומגפות טיפוס הבהרות ודיזנטריה, והפילו חללים רבים. בגטו ב' הוקם בית חולים, אך שוטרים גרמנים ואוקראינים היו מוציאים ממנו מפעם לפעם את המאושפזים ורוצחים אותם בבית הקברות היהודי. בגטו ב' הוקם גם בית יתומים עבור ילדים שהוריהם נרצחו באקציה של אוקטובר 1941, אבל רוב הילדים בבית היתומים גוועו ברעב בהיעדר הקצבת מזון. היודנרט ניסה לארגן עזרה לנזקקים, אבל אמצעיו היו דלים ביותר. במאי וביוני 1942 רוכזו בשני הגטאות בנדבורנה עוד יהודים מיישובי הסביבה.

באוגוסט 1942 נלקחו כמה מאנשי היודנרט, ובראשם מקסימיליאן של, לגסטפו בסטניסלבוב (Stanisławów) ונחקרו בעינויים, אחרי שאפשרו לקבוצת יהודים לצאת לעבודה לעיר סטרי (Stryj) ללא רשות הגסטפו. הרקע לכך היה סכסוך בין רשויות גרמניות שונות. הנחקרים הוחזרו לנדבורנה, ועל יושבי הגטו הוטל קנס כבד.

בקיץ 1942 בוצעו אקציות רצח בקרב יהודי הקהילות שסביב נדבורנה. היהודים ששרדו מקהילות אלה רוכזו בגטאות נדבורנה. במקביל היו גרמנים ואוקראינים נוהגים להיכנס לגטאות נדבורנה ולרצוח בהם יהודים באופן אקראי. בספטמבר 1942 הוצאו מגטאות נדבורנה מאות יהודים ונרצחו באקציות בסטניסלבוב. חלק מהעובדים בגטאות נדבורנה הוכנסו למחנה עבודה שהוקם בעיר.

בקיץ ובסתיו 1942 רבו הניסיונות של יהודים להיחלץ מהגטאות. בגטו עסקו האחים מילבאואר (Milbauer) בזיוף ומכירה של תעודות זהות אריות כדי לסייע ליהודים להימלט מהגטו ומהעיר. קבוצות של יהודים ברחו להונגריה, והיו שברחו ליערות הסביבה, אבל רובם הוסגרו לידי הגרמנים או נרצחו בידי מקומיים ובידי קבוצות של אוקראינים תומכי הלאומן האוקראיני סטפן בנדרה.
גטאות נדבורנה חוסלו ב-24 באוקטובר 1942. יהודי הגטאות הוכנסו לבית הכנסת שהיה בתחומי אחד משני הגטאות, רכושם נשדד והם נרצחו. יהודים אחרים הועברו לסטניסלבוב ושם נרצחו. באקציה זו נרצחו גם שרידי הקהילות היהודיות בסביבה. בגטו א' בנדבורנה נשארו כמה עשרות בעלי מלאכה, אך בנובמבר 1942 נרצחו גם הם ביער סמוך וקהילת יהודי נדבורנה חדלה מלהתקיים.