"כאן יסופרו תולדותיהן..."

ביום הראשון של פלישתם לברית המועצות ב-22 ביוני 1941 הפציצו הגרמנים את לייפאיה. עם הפלישה גויסו לצבא האדום רבים מבני העיר, ובכללם יהודים, ורבים אחרים רותקו למקום עבודתם, לשירותים ציבוריים ולעבודה במפעלים. על הגברים נאסר לצאת מהעיר. בשבוע שלאחר מכן הפכה העיר לשדה קרב. עשרות מיהודי העיר היו בין הרוגי הקרבות. ב-29 ביוני 1941 כבשו הגרמנים את לייפאיה והחלו במאסרים וברציחות על רקע פוליטי בשיתוף "ההגנה העצמית" הלטבית. חלק מהרציחות נעשו בפארק בלייפאיה, ליד תעלות הגנה שחפרו הסובייטים. עם הנרצחים נמנו עשרות גברים יהודים.

ב-5 ביולי חייב הממשל הצבאי הגרמני את יהודי לייפאיה לסמן בגדים בטלאי צהוב, אסר על יציאתם מהבית רוב היום ועל שימוש בתחבורה ציבורית וחייבם למסור רכוש רב. בעלי עסק יהודיים חויבו לסמן את חנויותיהם בשלט המצהיר על היותו של העסק בבעלות יהודית. כמו כן חויבו היהודים בעיר למסור את מקלט הרדיו הביתי, מכונות כתיבה ואמצעי תחבורה פרטיים.

מדי יום רוכזו בכיכר אלפי גברים מבין 7,100 היהודים שבעיר, ושוטרים חמושים התעללו בהם. חלק מהיהודים נלקחו לעבודה עבור הצבא הגרמני, בין השאר בפינוי הריסות ובקבורת חללי המלחמה. עד סוף יולי נאסרו ונרצחו כמעט אלפיים גברים יהודיים. בטבח השתתפו מתנדבים לטביים מיחידת "קומנדו אראייס" שהוקמה בריגה תחת פיקוד קצין האס-אס הלטבי ויקטורס אראייס (Arājs). רוב הרציחות התרחשו על חוף הים הבלטי, בין היתר בעיירת הדיג שקדן (Šķēde) שמצפון לעיר.

תחילה לא ידעו יהודי לייפאיה מה עלה בגורל קרוביהם שנלקחו. היו שמועות שהנעדרים נשלחו לעבודות מחוץ לעיר. נשים לטביות העבירו לבני משפחותיהם של הנעדרים פתקים ובהם בקשות לכסף, בגדים ומזון. לאחר מספר שבועות התגלה שהפתקים זויפו ושבעת כתיבתם היו היהודים, שכביכול כתבו אותם, מתים.

באוגוסט 1941 חלה הפוגה ברציחות ההמוניות, אם כי הרציחות נמשכו בממדים קטנים יותר. יהודים עובדים זכו לתעודות עובד. אלה שחררו אותם מחובת ההתייצבות היומית ולעתים העניקו להם חסות מחטיפות והוצאות להורג, שנמשכו באופן אקראי. בעלי מלאכה ובעלי מקצועות טכניים שעבדו עבור הצבא, המשטרה והצי הגרמניים זכו לחסות יציבה יותר. המוסדות היהודים שעדיין המשיכו לפעול בעיר היו מושב זקנים ובית החולים "לינת צדק" שעבד עם ציוד דל וללא אמצעי הרדמה.

בספטמבר ובאוקטובר התחדשו הרציחות ומאות יהודים, בעיקר נשים הרות, זקנים וחולים, בהם יושבי בית הזקנים היהודי נרצחו. עד נובמבר נותרו בלייפאיה כ-3,900 יהודים, רובם נשים וילדים. ב-13 בדצמבר פרסם מפקד הס"ס והמשטרה הבכיר פריץ דיטריך צו רשמי לפיו חייבים יהודי העיר להישאר בבתיהם בימים 15-16 בדצמבר. בה בעת משטרת הבטחון הגרמנית הוציאה כ-350 תעודות עבודה חדשות. אלה חולקו ליהודים שעבדו בתחנות המשטרה, לסגל הרפואי בבית החולים היהודי, לבעלי מלאכה ולבני משפחותיהם. רבים ניסו להכניס לאישוריהם יהודים שלא היו קרוביהם. אחרים הכינו מקומות מסתור במרתפים, בעליות גג ואצל מכרים נוצרים. מספר יהודים השיגו תעודות חסות מאנשי צבא גרמניים. 

בין 14 ל-17 בדצמבר אספו שוטרים לטביים את רוב יהודי העיר מבתיהם, לפי רשימות כתובות. במהלך המיון נאלצו היהודים לעמוד בחצרותיהם שעות רבות בצפיפות, עם הפנים לקיר, ללא מים ומזון.  בתום המיון נשלחו בעלי תעודות החסות לבתיהם ויתר היהודים הוסעו במשאיות ובמזחלות שלג לשקדן. הם הצטוו להתפשט ונורו בקבוצות על ידי כיתות ירי גרמניות ולטביות, לתוך בורות שנחפרו מראש. הטבח החל ב-15 בדצמבר, בשעה שאיסוף היהודים בעיר עוד נמשך, והסתיים ב-17 בדצמבר.

לאחר רצח 2,749 יהודים נותרו בלייפאיה כאלף יהודים בעלי תעודות עובד, בני משפחותיהם ויהודים ללא תעודות שחמקו מהטבח. עד אביב 1942 נרצחו עוד כ-100 יהודים. מספר יהודים הסתתרו וקבוצה של 22 יהודים אף התנפלה על השומרים הלטבים וברחה. המפקד הגרמני, איש הס"ס וולפגנג קיגלר, קיבל שוחד מהיהודים ובתמורה הופסקו לזמן מה החיפושים אחר היהודים.