"כאן יסופרו תולדותיהן..."

באוגוסט 1940 סופחה לטוויה לברית המועצות. לייפאיה הפכה לאחד הנמלים החשובים ביותר בים הבלטי. אלפי חיילים סובייטיים ובני משפחותיהם השתקעו בעיר והמצב הכלכלי השתפר. לפני הכיבוש הסובייטי, בתקופת שלטונו הלאומני של אולמניס בלטביה, היו משרות במפעלים ממשלתיים ובשירות הציבורי סגורות בפני יהודים. כעת יכלו יהודים להתקבל למשרות אלה, בהם הבנק העירוני ומחלקות התרבות והבריאות של העירייה. היהודים יכלו להתגייס לצבא ולמשטרה וללמוד באוניברסיטאות ובמוסדות להשכלה גבוהה. בשל השיפור במעמדם של היהודים גברה האנטישמיות בקרב האוכלוסיה הלטבית הנוצרית.

לאחר מספר חודשים החל השלטון הקומוניסטי להלאים רכוש פרטי ועסקים פרטיים. יהודים רבים איבדו את פרנסתם ואת עסקיהם. השכר ירד, תקנות כלכליות הקשו על המסחר ומפריהן נאסרו. עד דצמבר 1940 חוסלו מוסדות התרבות, הבריאות והסעד של הקהילה, נסגרו האגודות "הכנסת כלה" ו"מלביש עירומים", הופסקה פעילותה של "מכבי" ונסגרה "חברה קדישא". פעילות המפלגות ותנועות הנוער הופסקה בהדרגה, והותרה רק פעילותם של בתי כנסת ומוסדות סעד מעטים וכן בית ספר ביידיש, וגם זאת רק לאחר שהתאים עצמו לתכנית הלימודים הסובייטית.

באמצע יוני 1941 הוגלו מלייפאיה למעלה מ-50 משפחות יהודיות מקרב בעלי הרכוש לשעבר בעיר באשמה שהם בורגנים ואויבי מעמד הפועלים. רוב ראשי המשפחות נכלאו במחנה הריכוז הסובייטי ויאטלאג (Viatlag) ברוסיה, שם נספו רובם ברעב ובמגפות. בני משפחותיהם, נשים וילדים, נשלחו למקומות יישוב בברית המועצות וגם הם נספו ברובם. רק מעטים מהם שרדו וזכו לשוב ללטוויה לאחר המלחמה.