"כאן יסופרו תולדותיהן..."

גרמניה הנאצית כבשה את חלם בתחילת ספטמבר 1939. הגרמנים נסוגו ממנה ב-25 בספטמבר עם כניסת הסובייטים לאזור, אך הסכם ריבנטרופ-מולוטוב קבע כי העיר תהיה בתחום שלטונם, ועל כן הגרמנים שבו לעיר ב-9 באוקטובר. בתקופת שהותם הקצרה בחלם הקימו הסובייטים הנהלה עירונית ובראשה ראש עירייה יהודי, שהיה מאוהדיהם. עם נסיגת הסובייטים מן המקום חששו היהודים מנקמת האוכלוסייה הפולנית. בעידודם של החיילים הסובייטים חשו להצטרף אל הנסוגים מאות מיהודי חלם, שבאופן זה ניצלו מגורלם העתידי של יתר יהודי העיר. מיד עם תחילת הכיבוש הגרמני התרחשו מקרים של פגיעה והתעללות ביהודים, בין השאר עקב מרכזיותם של היהודים במנגנון השלטון בתקופת הכיבוש הקומוניסטי. הכיבוש הגרמני הביא לשיתוק כמעט מוחלט של הפעילות הכלכלית בחלם.

ב-1 בדצמבר 1939 נרצחו יותר מ-1,000 יהודים בגירוש הראשון מחלם. מפקד הכוחות הגרמניים בחלם הורה לראש הקהילה היהודית לרכז בכיכר השוק 2,000 גברים יהודים בני 60-16. מספר יהודים נרצחו במקום והשאר הובלו להרוביישוב (Hrubieszow). כ-1,000 מהם נרצחו בדרך. כ-400 אולצו לחצות בשחייה את נהר הבוג (Bug) שמימיו היו קרים כקרח, ורובם טבעו. מאות ספורות מתוך המגורשים שרדו והצליחו לשוב לחלם .

בדצמבר 1939 נתמנה בחלם יודנרט ובו עשרה חברים. בסוף אוקטובר 1940 הוקם גטו פתוח בשכונת עוני בקצה העיר ויהודי חלם נדרשו להתרכז בו. בתחילת 1941 גורשו עשרות מיהודי חלם לגטו ולודווה
(Wlodawa). מעבר יהודי חלם לגטו נמשך עד סוף מרס 1941. במהלך תקופה זו החרימו הגרמנים רכוש מיהודי העיר, דרשו מצעירים יהודים לעבוד בעבודות כפייה והטילו על היהודים מעת לעת לשלם סכומי כסף גבוהים ככופר נפש. בסוף 1941 נאסרה היציאה משטח הגטו. בשעריו הוצבו שוטרים גרמנים ופולנים והוקם בו שירות סדר יהודי שמנה 150 איש. בגטו שררו רעב וצפיפות ומדי יום נספו יהודים במגפת טיפוס שהשתוללה בו. רבים ניסו להבריח מזון אל הגטו וחלקם נרצחו כעונש על כך בידי הגרמנים.

גם בתקופת קיומו של גטו חלם המשיכו הגרמנים לדרוש מכסות עובדי כפייה מקרב היהודים. חלק ממגויסי הכפייה נשלחו למחנות עבודה מרוחקים. במקביל הגיעו לגטו חלם יהודים רבים מעיירות סמוכות באזור לובלין. הם הגיעו לגטו חסרי כל, לאחר צעדה מפרכת במהלכה עונו על ידי הגרמנים וחזו ברצח מאות מביניהם בידי הגרמנים.