במחנה העקורים ברגן-בלזן
מיד עם שחרורו, באביב 1945, הרמן הלפגוט חש למחנה ברגן-בלזן על מנת לסייע לעשרות אלפי היהודים ניצולי השואה שנמצאו בו. הוא קבר במו ידיו אלפים מהנספים שהיו במחנה, ובמקביל ניסה לעודד את רוחם של הנותרים בחיים. הוא ערך חופות, עסק בחינוך ילדים ונוער, העניק סעד נפשי והשיג מצרכים חיוניים ועזרה רפואית חיונית. בספטמבר 1947 הלפגוט נשלח לסייע למעפילי אוניית המעפילים "יציאת אירופה תש"ז" ("אקסודוס") במחנות המעצר בגרמניה.