השם מונאסטיר נגזר מ"מונסטריון" (Monasterion) שפירושו מנזר ביוונית, ונקרא כך בשל מנזר ששכן במקום.

הסלווים כמו הסרבים, המקדונים והבולגרים קראו לעיר ביטולה או ביטולי (Bitola, Bitolj) מן המלה הסלבית (obitelj) שפירושה אנשי המנזר.

הטורקים, היוונים והיהודים קראו לעיר מונאסטיר, או מאנסטיר ובמקורות היהודיים היא מופיעה כמונשטרייו, מונסטיריו.

במסמכים רשמיים מתקופת השואה נמצא שימוש בשם ביטולה בלבד; במסמכים יהודיים יופיע לעיתים גם השם מונאסטיר.