ב-10 באוקטובר 1939 נודע שברית המועצות מעבירה את וילנה לידי ליטא העצמאית. ידיעה זו שימשה אות לרבים לעבור לווילנה, ובכלל זה מנהיגי המפלגות הציוניות, חברי תנועות הנוער וישיבות על רבניהן. עד סוף אוקטובר היתה התנועה לווילנה חופשית ואלפי יהודים ניצלו זאת. באמצע נובמבר 1939 התייצב הגבול בין ליטא לברית המועצות ונסגר, ומאותה עת נעשתה חציית הגבול רק בהברחה. לווילנה הגיעו 14,000-15,000 פליטים יהודים וביניהם יותר מ-2,600 חברי תנועות הנוער הציוניות. תנועות אלה הקימו מסגרת גג משותפת - "הקואורדינציה של תנועות הנוער החלוציות" - שטיפלה בענייני עבודה ובבעיות כלכליות של חבריה, וכן בנושאי העלייה לארץ ישראל.