در آستانه جنگ جهانی دوم، 80,000 نفر از جمعیت نیم میلیونی دنیپروپتروبسک یهودی بودند. با نزدیک شدن ارتش آلمان، تخلیه شهر آغاز شد و حدود 60,000 نفر یهودی فرار کردند. در تاریخ 25 اوت، آلمان ها شهر را تصرف نمودند. در اولین روزهای اشغال، اهالی اوکرایینی رفتار به ویژه خصومت آمیزی با یهودیان داشتند، اموال آنها را سرقت نموده و بسیاری از یهودیان را به دست آلمان ها سپردند. به 20,000 یهودی که در شهر باقی مانده بودند دستور داده شد که وصله ننگی به صورت ستاره داوود آبی رنگ با زمینه سفید به لباس های خود وصل نمایند. همچنین به آنها دستور داده شد کمیته ای به نام "رهبری جامعه" انتخاب کنند. اولین رئیس این کمیته وکیلی به نام گورنبرگ (Gorenberg) بود. به مدیران ساختمان های مسکونی دستور داده شد که فهرستی از ساکنین یهودی ساختمان های خود را به دفتر فرماندهی شهر بسپارند. حکومت نطامی مقدمات برپایی گتو جهت یهودیان دنیپروپتروبسک را انجام داد.
در 8 اکتبر 1941، فرماندار کل، یهودیان شهر را به قیمت 30 میلیون روبل جریمه کرد. در 13 اکتبر، پیش از پرداخت جریمه، آیزنتس کماندو 6 که تحت فرماندهی آیزنتس گروپه C بود، اقدام به دستگیر نمودن یهودیان و زندانی کردن آنها در یک مغازه بزرگ در شهر نمود. یهودیان از آنجا به صورت گروهی به دره ای نزدیک منتقل شده و به قتل رسیدند. حدود 15,000 یهودی در این عملیات کشته شدند. در عملیاتی که بعد از آن انجام گرفت، 5,000 یهودی دیگر به قتل رسیدند.
در تاریخ 25 اکتبر 1943 هنگامی که دنیپروپتروبسک به دست ارتش سرخ آزاد شد، فقط 15 نفر یهودی در شهر باقی مانده بودند.