در نیمه اول اکتبر 1942، گشتاپو دستور محرمانه ای گرفت که طبق آن موظف به نابودی گتوهای بیالیستوک و شهرهای دیگر آن ایالت شد. مقامات اقتصادی و ارتشی نگران فلج شدن صنایع مهمات سازی در ناحیه بودند و بنابراین، اجرای دستور، مشروط به عدم تاثیرگذاری بر این صنایع شد. بنابراین کاهش جمعیت گتو بیالستوک و تخلیه کلیه یهودیان از مناطق دیگر ایالت طبق فرمان اصلی در دستور کار قرار گرفت.
تمامی گتو های ایالت در 2 نوامبر 1942 به کمک ژاندارمری محلی، در محاصره ناگهانی قرار گرفتند. طی چند روز آلمان ها تمامی یهودیان را در میدان های شهر جمع کرده و آنها را با قطار به پنج نقطه تمرکز منتقل کردند و سپس آنها را از آنجا به اردوگاه های مرگ فرستادند. به موازای این امر، کنترل گتو بیالیستوک نیز از دست مقامات غیر نظامی خارج شده و به اس.اس. واگذار شد.
بین نوامبر 1942 تا فوریه 1943، تعداد 100,000 یهودی از ایالت بیالیستوک و در بین آنها 10,000 یهودی از خود شهر بیالیستوک به اردوگاه های مرگ تربلینکا و آشویتس فرستاده شدند. نابودی نهایی گتو بیالیستوک در اوت 1943 به انجام رسید که طی آن 30,000 یهودی باقیمانده در آنجا به اردوگاه های مرگ فرستاده شدند. قیام گتو بیالیستوک نیز در آن زمان شروع شد.